结论：一天工作13小时中途有休息时间，是否算加班，需根据休息时间的性质、劳动合同或公司规章制度的具体规定，以及实际工作时间是否超出法定标准工时来判断。
分析：
休息时间的性质：
- 如果休息时间被明确计入工作时间（例如，休息时间仍需保持工作状态或随时待命），则这13小时应视为连续工作时间，很可能构成加班。
- 如果休息时间被明确排除在工作时间之外（例如，员工可以自由支配这段时间，无需履行工作职责），则需进一步分析实际工作时间是否超出法定标准。
劳动合同或公司规章制度的规定：
- 劳动合同或公司规章制度中可能明确规定了每日工作时间、加班的认定标准以及加班费的支付方式。如果13小时的工作时间（扣除合理休息时间后）超出了合同或制度中规定的标准工时，则构成加班。
- 例如，若合同规定每日工作8小时，且明确休息时间不计入工作时间，那么员工实际工作超过8小时的部分即构成加班。
法定标准工时的考量：
- 根据《劳动法》及相关规定，劳动者每日工作时间一般不超过8小时，平均每周不超过44小时。如果员工实际工作时间（扣除合理休息时间后）超出这一标准，则构成加班。
- 加班应依法支付加班费，具体标准根据加班时间的长短和劳动合同或公司规章制度的规定而定。
具体计算与判断：
- 假设员工一天工作13小时，其中包含1小时的合理休息时间（如午餐和短暂休息），则实际工作时间为12小时。
- 若劳动合同或公司规章制度规定每日工作8小时为标准工时，则员工实际工作时间超出4小时，这4小时即构成加班。
- 加班费的计算通常依据劳动合同或公司规章制度中的规定，以及《劳动法》的相关规定进行。一般来说，工作日加班的加班费不低于工资的百分之一百五十；休息日加班又不能安排补休的，加班费不低于工资的百分之二百；法定节假日加班的，加班费不低于工资的百分之三百。
建议：
- 员工应仔细审查劳动合同和公司规章制度中关于工作时间和加班的规定，以明确自己的权益。
- 如发现实际工作时间超出法定标准或合同规定，且未获得相应加班费，员工有权向公司提出异议或向劳动监察部门投诉。
- 在处理此类纠纷时，建议员工保留好相关证据（如工作记录、考勤记录等），以便在需要时证明自己的主张。
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