结论前置：针对承包运输合同中注明“6加2”且单位不再续签合同，但后面又约定了2年期限的情况，需根据合同具体条款及双方真实意思表示来判断后续处理方式。以下分情况说明：

1. 若“6加2”中的“2”为原合同明确约定的续签或延长期限：

   • 合同解释原则：根据《民法典》第四百六十六条，当事人对合同条款的理解有争议的，应当按照所使用的词句，结合相关条款、行为的性质和目的、习惯以及诚信原则，确定意思表示的含义。若合同中“6加2”的表述清晰，且“2”明确为续签或延长期限，则单位在6年合同期满后，应继续履行剩余2年的合同义务，除非存在法定或约定的解除事由。
   • 单位不续签的法律后果：若单位无正当理由拒绝续签或履行剩余2年期限，则构成违约。根据《民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。因此，您有权要求单位继续履行合同或赔偿因违约造成的损失。

2. 若“6加2”中的“2”为双方后续协商或补充协议约定的期限：

   • 补充协议的效力：若双方在原合同期满后，就剩余2年期限达成了补充协议，则该补充协议与原合同具有同等法律效力。单位应按照补充协议的约定履行义务，否则同样构成违约。
   • 协商变更或解除：若双方在补充协议中约定了变更或解除合同的条件，且这些条件已成就，则单位有权根据约定变更或解除合同。但变更或解除合同应遵循法定程序，如通知对方、协商一致等，否则可能构成违法解除，需承担相应法律责任。

3. 若合同条款存在歧义或双方对“6加2”理解不一致：

   • 争议解决方式：若双方对合同条款的理解存在争议，且无法通过协商达成一致，则可以根据合同约定的争议解决方式（如仲裁、诉讼）来解决。在争议解决过程中，法院或仲裁机构将根据合同条款、双方交易习惯、行业惯例以及诚信原则等因素，综合判断双方的真实意思表示，并作出裁决。
   • 证据收集与提交：在争议解决过程中，您应积极收集并提交与合同签订、履行相关的证据材料，如合同文本、补充协议、往来函件、付款凭证等，以证明自己的主张。

建议行动：

• 审查合同条款：首先仔细审查合同文本及所有补充协议，明确“6加2”的具体含义及双方的权利义务。
• 与单位协商：若单位表示不再续签或履行剩余2年期限，尝试与单位进行协商，了解其真实意图及理由，并寻求双方都能接受的解决方案。
• 寻求法律救济：若协商无果，且您认为单位的行为构成违约或违法解除合同，则可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。在此过程中，建议您咨询专业律师以获取更具体的法律建议。