针对证券公司领导与员工发生不正当关系如何处罚的问题，需结合具体场景和法律关系分情况讨论，以下是详细分析：

1. 若涉及违反公司内部规章制度
   证券公司作为金融机构，通常会在《员工手册》《合规管理办法》等内部文件中明确禁止员工（包括领导）发生不正当关系，尤其是存在利益输送、影响公平竞争或损害公司声誉的情形。

   • 处罚依据：公司可依据内部规章制度对涉事双方进行处分，常见措施包括警告、记过、降职、解除劳动合同等。
     
   • 关键点：公司需证明规章制度已通过民主程序制定（如职工代表大会讨论）、已向员工公示（如签字确认或系统公告），且处分决定与违规行为程度匹配（如初次违规与多次违规的处罚差异）。

2. 若涉及违反《证券法》或行业监管规定
   若不正当关系伴随利益输送（如领导利用职权为关系员工谋取晋升、奖金，或员工向领导提供财物以获取业务机会），可能触犯《证券法》中关于“操纵证券市场”“内幕交易”或“利益输送”的条款。

   • 处罚依据：中国证监会可依据《证券法》对涉事个人及公司进行行政处罚，包括罚款、市场禁入（如禁止从事证券业务）、没收违法所得等；情节严重的可能涉及刑事犯罪（如非国家工作人员受贿罪、行贿罪）。
     
   • 关键点：需证明不正当关系与利益输送存在直接因果关系，且达到“情节严重”标准（如金额较大、多次违规、造成市场秩序混乱等）。

3. 若涉及违反《劳动合同法》或《民法典》

   • 劳动关系角度：若公司以“严重违反公司规章制度”为由解除劳动合同，需确保程序合法（如提前通知工会、允许员工申辩）；若程序违法，员工可主张违法解除赔偿金（2N倍月工资）。
     
   • 民事侵权角度：若不正当关系导致一方配偶主张“离婚损害赔偿”（如因出轨导致离婚），或公司主张“名誉权侵权”（如关系曝光损害公司声誉），可能涉及民事赔偿，但需证明损害结果与不正当关系的直接关联性。

4. 若涉及党员或公职人员身份
   若涉事领导为党员或公职人员（如国有证券公司高管），还可能违反《中国共产党纪律处分条例》或《公职人员政务处分法》，面临党纪处分（如警告、开除党籍）或政务处分（如降级、撤职）。

建议：

• 对公司而言，需完善内部合规制度，明确禁止不正当关系及利益输送，并定期开展合规培训；
  
• 对个人而言，若涉及违规或侵权，可收集证据（如聊天记录、转账记录、公司处分文件等）通过劳动仲裁、民事诉讼或行政投诉维护权益。
  

如有具体案件细节（如是否涉及利益输送、公司处分程序等），可进一步向我咨询，我会结合证据为您分析法律风险及应对策略。