关于毕业生协议中甲方公章与“盖章”是否一样的问题，这实际上涉及到了印章的使用和法律效力。首先，我们需要明确几个概念：
公章：公章是单位或组织在法律文件、合同、协议等正式文书上使用的印章，它代表了单位的正式意志和法律效力。在毕业生协议中，甲方的公章就是甲方单位正式使用的印章，它具有法律上的认可度和约束力。
盖章：盖章是一个动作，指的是在文件上加盖印章的行为。这个印章可以是公章，也可以是其他类型的印章（如合同专用章、财务专用章等），具体取决于文件的内容和用途。
现在，我们来具体分析这个问题：
在毕业生协议中：甲方使用的应该是其正式的公章，因为这份协议是具有法律效力的正式文件。甲方通过加盖公章，表示其正式认可协议的内容，并愿意承担相应的法律责任。
“盖章”与“公章”的关系：在毕业生协议的语境下，“盖章”通常指的是加盖甲方的公章。因此，当说“甲方盖章”时，实际上就是指甲方加盖其公章。从这个意义上说，“盖章”和“公章”在毕业生协议中是紧密相关的，但“盖章”更侧重于动作，而“公章”更侧重于印章本身。
法律效力：无论是“盖章”还是“公章”，在毕业生协议中，它们都代表了甲方的正式意志和法律效力。只要甲方加盖的是其正式的公章，并且盖章行为符合法律程序和规定，那么这份协议就具有法律效力。
综上所述，在毕业生协议中，甲方使用的“盖章”通常指的就是加盖其正式的公章。因此，从广义上来说，它们在这个语境下可以视为是一样的，都代表了甲方的正式认可和法律效力。但为了确保协议的严谨性和法律效力，建议在使用时明确区分“盖章”这一动作和“公章”这一印章类型，并确保加盖的是甲方正式的公章。