在三方协议中，甲方（通常指学校）应盖学校公章，而非系章。以下是对此问题的详细分析：
一、学校公章与系章的性质及法律效力
学校公章：学校公章是学校法人资格的象征，具有最高的法律效力。它代表学校对外进行法律行为，如签订合同、协议等。在三方协议中，学校公章的使用能够确保协议的合法性和有效性，充分保障毕业生的权益。
系章：系章通常是学校内部某个系或部门的印章，主要用于内部管理或日常事务。它并不具备学校公章的法律效力，不能代表学校对外进行法律行为。因此，在三方协议中盖系章可能无法确保协议的合法性和有效性。
二、三方协议中甲方盖章的重要性
增加协议公信力：学校公章为协议增添了官方认证，提高了协议的公信力和法律效力。这有助于降低毕业生遭遇就业欺诈的风险，确保毕业生的合法权益得到保障。
确认毕业生资质：对于用人单位而言，学校公章是对毕业生身份、学历等信息的真实性和有效性的证明。这有助于用人单位放心录用毕业生，并依据协议履行相关义务。
便于办理手续：在某些情况下，学校盖章的三方协议是用人单位办理接收毕业生手续的重要依据。如果协议上盖的是系章，可能会给用人单位办理相关手续带来不便。
三、实际操作建议
确认盖章主体：在签订三方协议前，毕业生应主动与学校相关部门沟通确认，了解学校公章的使用规定和流程。确保协议上盖的是学校公章，而非系章或其他无效印章。
审查协议内容：毕业生在签订三方协议时，应仔细审查协议内容，确保所有条款都明确、合法、有效。特别是关于毕业生权益保障的条款，如试用期、违约金、福利待遇等，应与用人单位进行充分沟通并达成书面协议。
留存协议副本：三方协议签订后，毕业生应妥善留存协议副本，以备后续需要。如果发生纠纷或争议，协议副本将作为重要的证据材料。
四、法律后果提示
如果三方协议上盖的是系章而非学校公章，可能会面临以下法律后果：
协议效力存疑：由于系章不具备学校公章的法律效力，因此加盖系章的三方协议可能无法得到法律认可。一旦发生纠纷或争议，毕业生可能会面临维权困难的情况。
用人单位不承认协议效力：如果用人单位认为协议上盖的是无效印章（如系章），可能会不承认协议效力或不履行协议义务。这将给毕业生带来不必要的损失和麻烦。
因此，在签订三方协议时，毕业生应确保协议上盖的是学校公章，以充分保障自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。