您好，关于三方协议的盖章流程，确实通常是由学校作为最后一步进行盖章的。三方协议，全称为《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，是明确毕业生、用人单位、毕业生所在学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面协议。
在签署三方协议的过程中，一般流程是这样的：
毕业生与用人单位双向选择：毕业生和用人单位在相互了解、协商的基础上，确定录用关系。
填写并提交协议：毕业生会填写就业协议的相关内容，包括个人信息、就业单位信息、派遣与档案信息等，并提交给学校进行审核。这一过程中，毕业生需要确保所填写的信息准确无误，因为一旦提交，更正流程可能会比较复杂。
用人单位审核盖章：学校审核通过后，毕业生会下载PDF版就业协议书打印，并将就业协议书递交用人单位核实签字盖章。用人单位在审核协议内容无误后，会在协议上加盖公章。
学校最后盖章：用人单位签字盖章后，毕业生需要将盖章的协议书回传给学校（对于电子就业协议，可能是通过线上平台上传）。学校在确认协议书内容无误，且用人单位已经盖章后，会作为见证第三方在协议书上加盖学校公章。至此，三方协议的签署流程才算完成。
因此，您提到的“三方协议学校最后盖章”是正确的。学校作为三方协议的见证方，会在毕业生和用人单位都完成签字盖章后，再进行最后的盖章确认。这样的流程设计，既保证了协议的合法性和有效性，也维护了毕业生和用人单位的合法权益。
希望这个解答能够帮助您更好地理解三方协议的签署流程。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。