若食品抽检时程序不合法，可采取以下措施维护自身权益：

1. 及时提出异议并要求复检
   根据《食品安全抽样检验管理办法》，被抽检方对检验结果有异议的，可在收到结果后7个工作日内向实施抽检的市场监管部门提出书面复检申请。程序违法（如未出示证件、未告知权利、未按规定封存样品等）是提出异议的合法理由，监管部门需受理并委托符合资质的复检机构重新检验。复检结论为最终结论，若复检合格，原检验结果不成立。

2. 向监管部门投诉程序违法问题
   若抽检过程中存在未依法出示执法证件、未告知抽检依据和权利、未按规定封存或运输样品、未留存备份样品等程序违法情形，可向实施抽检的上级市场监管部门或同级政府投诉。投诉时需提供具体违法线索（如现场照片、视频、证人联系方式等），监管部门需在15个工作日内核查并反馈处理结果。

3. 申请行政复议或提起行政诉讼
   若监管部门以违法程序作出的检验结论为依据，对经营者作出罚款、没收违法所得、责令停业整顿等行政处罚，经营者可在收到处罚决定后60日内申请行政复议，或6个月内直接向法院提起行政诉讼。程序违法可能导致行政处罚被撤销，例如：未依法送达检验报告、未告知复检权利等情形下作出的处罚，法院通常会判决撤销。

4. 要求赔偿因程序违法导致的损失
   若程序违法的抽检行为导致经营者商品被错误下架、声誉受损、经营中断等直接经济损失，可依据《国家赔偿法》要求监管部门赔偿。例如：因抽检人员未依法封存样品导致样品被污染，进而作出错误检验结论的，经营者可主张赔偿检测费、商品损失、停业损失等。

关键提醒：

• 保留抽检现场的执法文书、照片、视频、样品封存记录等证据，证明程序违法事实；
  
• 复检申请需在规定期限内提出，逾期视为放弃权利；
  
• 行政诉讼中，法院会重点审查抽检程序是否符合《食品安全法》《食品安全抽样检验管理办法》等规定，程序违法是撤销行政处罚的常见理由。
  

如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合证据和法律条款为您分析维权路径。