程序不合法，通常可以通过以下途径处理，具体取决于程序不合法的性质、影响范围及您的具体诉求：

1. 提出异议或申请复议
   如果程序不合法直接影响了您的权益（例如行政处罚程序违法、诉讼程序违法等），您可以在法定期限内向作出程序的机关或其上级机关提出书面异议，要求撤销或纠正违法程序。例如，在行政处罚中，若您认为处罚程序违法（如未告知听证权利），可申请行政复议，要求复议机关审查程序合法性。

2. 提起行政诉讼或民事诉讼

   • 行政诉讼：若程序违法由行政机关作出（如行政许可、行政处罚），您可向法院提起行政诉讼，请求确认程序违法并撤销相关行政行为。法院会审查程序是否违反法定要求（如是否听取陈述申辩、是否超期办理等）。
     
   • 民事诉讼：若程序违法涉及民事纠纷（如合同签订程序违法导致合同效力争议），您可在民事诉讼中主张程序违法影响实体权利，请求法院认定相关行为无效或可撤销。

3. 申请国家赔偿
   若程序违法导致您的人身权或财产权受损（如错误拘留、违法查封），您可在确认程序违法后，向赔偿义务机关提出国家赔偿申请。例如，行政机关违法采取强制措施造成损失的，您有权要求赔偿。

4. 向监督机关投诉或举报
   您可向程序的监督机关（如检察院、上级主管部门、纪检监察机关）投诉或举报程序违法行为。例如，若司法程序违法（如审判人员应回避未回避），可向检察院申请法律监督。

具体操作建议：

• 固定证据：保留程序违法的相关证据（如通知、记录、录音等），证明程序未依法进行。
  
• 明确诉求：根据程序违法的类型（如行政、司法、民事），选择对应的救济途径。
  
• 及时行动：注意法律规定的期限（如复议期限60日、诉讼期限6个月），避免因超期丧失权利。
  

若您能进一步说明程序不合法的具体场景（如行政、诉讼、合同等），我可为您提供更针对性的分析。