如果发现公安办案程序不合法，可以采取以下措施来维护自身合法权益，我将从不同角度为你详细说明：

1. 及时提出异议并记录
   在办案过程中，若发现程序违法（如未出示证件、超期羁押、非法取证等），应当场提出异议，要求执法人员纠正并记录在案。例如，若被要求签署空白笔录，可明确拒绝并要求补充完整内容。若对方坚持违法操作，可要求其出具书面说明，为后续维权保留证据。

2. 向公安机关内部监督部门投诉
   根据《公安机关督察条例》，可向县级以上公安机关督察部门或法制部门投诉，要求对程序违法问题进行调查。投诉时需提交书面材料，附上证据（如录音、录像、证人联系方式等），并明确要求书面回复。若内部监督未有效处理，可进一步向上级公安机关申诉。

3. 申请检察机关法律监督
   根据《刑事诉讼法》第8条，检察机关是法律监督机关，有权对公安机关的侦查活动进行监督。若认为程序违法影响案件公正性（如非法证据排除），可向同级人民检察院提交书面申请，要求其启动侦查监督程序。检察机关需在7日内答复，若未答复或处理不当，可向上级人民检察院复议。

4. 在诉讼阶段提出程序违法抗辩
   若案件已进入审查起诉或审判阶段，可在律师协助下向检察机关或法院提出程序违法抗辩。例如，若因超期羁押导致证据非法，可申请排除该证据；若未告知诉讼权利，可主张程序无效。根据《刑事诉讼法》第56条，非法证据不得作为定案依据，法院需依法排除。

5. 提起行政诉讼或国家赔偿
   若程序违法导致人身或财产损害（如错误拘留、非法搜查），可在确认公安机关行为违法后，向法院提起行政诉讼，要求撤销违法行政行为或确认无效。若已造成实际损失，可依据《国家赔偿法》第17条，在刑罚执行完毕或确认无罪后，申请国家赔偿（如限制人身自由赔偿金、财产损害赔偿等）。

温馨提示：程序违法可能涉及多个环节，建议第一时间委托律师介入，通过法律途径固定证据、分析案情，并制定针对性维权策略。若需进一步帮助，可直接向我咨询具体案件情况。