商家不配合食品抽检的，将面临责令改正、警告、罚款等行政处罚，情节严重的还可能面临停产停业、吊销许可证等更严厉的处罚。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国食品安全法》的相关规定，县级以上人民政府食品安全监督管理部门有权对食品生产经营者进行监督检查，包括抽样检验。食品生产经营者应当配合监督检查工作，如实提供相关资料和样品，不得拒绝、阻挠。
二、不配合抽检的具体处罚
责令改正与警告：
- 当商家不配合食品抽检时，食品安全监督管理部门首先会责令其改正，并给予警告。这是为了促使商家认识到其行为的违法性，并主动配合后续的抽检工作。
罚款：
- 如果商家在责令改正后仍拒不改正的，食品安全监督管理部门将对其处以罚款。罚款的数额根据违法行为的情节轻重而定，一般会在一定范围内浮动。例如，根据相关法规，拒不改正的，可能面临五千元以上五万元以下的罚款。
停产停业与吊销许可证：
- 对于情节严重的违法行为，如多次拒不配合抽检、拒不改正且情节恶劣等，食品安全监督管理部门有权责令商家停产停业，甚至吊销其食品生产经营许可证。这将直接导致商家无法继续从事食品生产经营活动，对其造成严重的经济损失。
三、实际案例与法律后果
在实际操作中，商家不配合食品抽检的行为往往会被视为对食品安全监管的公然挑战，因此会受到较为严厉的处罚。例如，曾有商家因拒不配合抽检而被处以高额罚款，并因其违法行为情节严重而被吊销了食品生产经营许可证。这不仅导致了商家的经济损失，还对其声誉造成了严重影响。
四、建议与措施
商家应主动配合抽检：
- 作为食品生产经营者，商家应主动配合食品安全监督管理部门的抽检工作，如实提供相关资料和样品。这不仅是法律规定的义务，也是保障食品安全、维护消费者权益的重要举措。
加强内部管理：
- 商家应加强内部管理，确保食品生产经营过程符合法律法规要求。通过建立健全的食品安全管理制度、加强员工培训等措施，提高食品安全管理水平，降低违法风险。
及时咨询法律专业人士：
- 如果商家对抽检工作或相关法律法规存在疑问或困惑，应及时咨询法律专业人士以获取准确、专业的法律意见。这有助于商家更好地理解法律法规要求，避免因误解或疏忽而引发违法行为。
作为专注于侵权损害（食品安全）领域的律师，我建议商家在面对食品抽检时务必保持积极配合的态度。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。