企业不同部门工资是否应该不同，并没有一个绝对的答案，这主要取决于企业的薪酬制度、岗位性质、市场情况以及法律法规的合规性等多个因素。以下从不同角度为你详细分析：
一、企业自主权与薪酬制度
企业自主权：根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，企业有权根据自身的经营状况、市场定位、发展战略等因素，自主制定薪酬制度。这意味着，企业可以根据不同部门的工作性质、岗位需求、技能要求等，设定不同的工资水平。
薪酬制度设计：合理的薪酬制度应当体现公平、竞争、激励等原则。企业可以根据不同部门的工作强度、工作环境、工作风险等因素，对工资进行差异化设置。例如，销售部门可能因为需要承担更大的业绩压力，而获得更高的提成或奖金；技术部门可能因为需要更高的专业技能和知识水平，而获得更高的基本工资。
二、岗位性质与市场情况
岗位性质：不同部门的工作性质和内容可能存在显著差异。例如，生产部门可能更注重劳动强度和效率，而研发部门则更注重创新能力和技术水平。因此，根据岗位性质的不同，设置不同的工资水平是合理的。
市场情况：企业还需要考虑市场薪酬水平。如果某个部门的岗位在市场上供不应求，那么企业可能需要提供更高的工资来吸引和留住人才。反之，如果某个部门的岗位在市场上供过于求，那么企业可能可以适当降低工资水平。
三、法律法规的合规性
最低工资标准：企业设置的工资水平不得低于当地最低工资标准。这是保障劳动者基本生活需要的重要法律要求。
同工同酬原则：根据《中华人民共和国劳动法》第四十六条，工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。这意味着，在同一企业内，从事相同工作、付出等量劳动且取得相同劳动业绩的劳动者，应获得相同的劳动报酬。但这里的“同工同酬”并不意味着所有部门的工资都必须完全相同，而是指相同或相似岗位上的劳动者应获得相同的报酬。
禁止歧视：企业在制定薪酬制度时，不得因劳动者的性别、年龄、民族、种族、宗教信仰等因素而设置歧视性工资。这有助于维护劳动者的合法权益，促进社会公平正义。
四、实际操作建议
透明公开：企业在制定薪酬制度时，应当确保制度的透明度和公开性。这有助于增强员工对薪酬制度的信任感和满意度，减少因薪酬问题引发的劳动纠纷。
定期评估与调整：企业应当定期对薪酬制度进行评估和调整，以确保其适应企业发展的需要和市场情况的变化。这有助于保持薪酬制度的竞争力和激励作用。
合法合规：企业在制定薪酬制度时，必须严格遵守相关法律法规的要求，确保薪酬制度的合法性和合规性。这有助于避免因薪酬问题引发的法律风险和声誉损失。
企业不同部门工资是否应该不同，并没有一个固定的标准。企业应当根据自身的实际情况和法律法规的要求，制定合理的薪酬制度，以确保薪酬的公平性、竞争性和激励性。如果你在劳动工伤方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。