撤案需根据案件类型和所处阶段，通过法定程序向相应机关提出申请，具体流程和要求因案件性质不同而存在差异。以下分情况说明：

1. 刑事案件中的撤案

   • 侦查阶段：若案件处于公安机关侦查阶段，撤案需由公安机关根据《刑事诉讼法》第十六条规定的情形（如情节显著轻微、已过追诉时效、特赦免罪等）主动撤销案件，或由检察机关作出不起诉决定。赔偿本身并非撤案的直接依据，但若赔偿后取得被害人谅解，公安机关可能根据《刑事诉讼法》第一百七十七条，将案件移送检察机关审查起诉时建议从宽处理，最终是否撤案由检察机关决定。
   • 审查起诉阶段：若案件已移送检察机关审查起诉，赔偿后被害人出具谅解书，检察机关可依据《刑事诉讼法》第一百七十七条第二款作出酌定不起诉决定，此时案件终止。需向检察机关提交撤案申请，并附赔偿协议、谅解书等材料。
   • 审判阶段：若案件已进入法院审理阶段，赔偿后被害人谅解的，法院可能根据《刑法》第六十七条从宽处罚，但已进入审判程序的案件无法直接“撤案”，仅可能通过缓刑、减轻处罚等方式处理。

2. 民事案件中的撤案（撤诉）

   • 起诉后未开庭：若原告在起诉后、法院开庭前主动申请撤诉，需向法院提交《撤诉申请书》，法院审查后若认为符合条件（如不损害国家、集体或他人利益），将裁定准许撤诉。赔偿协议可作为撤诉的合理依据，但需在申请中明确说明。
   • 开庭后判决前：若案件已开庭但未判决，原告仍可申请撤诉，但法院审查会更严格（如需确认撤诉是否出于自愿、是否涉及虚假诉讼等）。赔偿协议需附在撤诉申请中，作为撤诉动机的证明。
   • 判决后：案件判决后无法撤诉，但若双方达成和解，可通过申请再审或执行和解程序处理，但此时已不属于“撤案”范畴。

3. 行政案件中的撤案（撤诉）

   • 起诉后未开庭：原告在行政诉讼中申请撤诉，需向法院提交《撤诉申请书》，法院审查后若认为符合条件（如行政机关已改变被诉行为、原告自愿撤诉等），将裁定准许。赔偿协议可作为撤诉的辅助材料，但需证明撤诉与赔偿的关联性。
   • 开庭后判决前：与民事案件类似，法院审查会更严格，需确认撤诉不损害公共利益。

关键提醒：

• 撤案需严格遵循法定程序，不可自行“撤回”已立案的案件，否则可能构成程序违法。
• 赔偿协议需明确双方权利义务（如赔偿金额、支付方式、谅解条款等），并建议通过公证或律师见证增强效力。
• 若案件涉及复杂法律关系（如多方纠纷、刑事附带民事等），建议提前咨询律师，避免因操作不当导致权益受损。

如有具体案件类型或阶段需要进一步分析，可直接向我说明细节，我将提供针对性解答。