针对“农民工和包工头跑路了，甲方怎么办”这一问题，核心前提是农民工和包工头均失联，导致工程进度受阻或款项支付出现问题，甲方面临合同履行及权益保障的困境。以下是具体分析及建议：

1. 立即固定证据，梳理合同关系
   甲方需第一时间收集与包工头签订的工程承包合同、付款凭证、工程量确认单、农民工考勤记录等材料，明确双方权利义务。若包工头以个人名义签约，需核查其是否具备施工资质；若挂靠某公司，可追加被挂靠方为责任主体。同时，通过录音、短信、微信等方式留存包工头失联的证据，为后续维权奠定基础。

2. 区分责任主体，针对性追责

   • 若包工头系个人承包：甲方可依据《民法典》第577条，以“违约”为由向法院起诉包工头，要求继续履行合同（如完成剩余工程）或赔偿损失（如另行委托他人施工的差价）。若包工头已收取预付款但未施工，可主张返还款项并支付违约金。
     
   • 若包工头挂靠公司施工：根据《建筑法》第66条，被挂靠公司需对工程质量、工期等承担连带责任。甲方可同时起诉包工头和被挂靠公司，增加追责成功率。
     
   • 若涉及农民工工资拖欠：根据《保障农民工工资支付条例》第30条，分包单位（包工头）拖欠工资的，由施工总承包单位（甲方若为总包方）先行清偿，再向包工头追偿。若甲方非总包方，需核实自身是否需承担连带责任，避免过度担责。

3. 及时止损，调整施工方案
   若包工头失联导致工程停滞，甲方可依据合同中的“终止条款”解除合同，并委托第三方完成剩余工程。需注意：

   • 解除合同前应书面催告包工头限期复工，逾期未回应方可解除；
     
   • 新施工方报价需合理，避免因价格过高被包工头后续主张“甲方扩大损失”；
     
   • 保留新施工的合同、付款凭证等，作为索赔依据。

4. 报警或申请财产保全，防范转移资产
   若包工头失联前存在转移工程款、设备等行为，甲方可向法院申请诉前财产保全，冻结其银行账户、查封施工设备等，防止资产流失。若怀疑包工头涉嫌诈骗（如虚构工程骗取款项），可向公安机关报案，通过刑事程序追责。

5. 协商与调解优先，降低维权成本
   在诉讼前，甲方可尝试通过行业协会、劳动监察部门或第三方调解机构联系包工头，协商分期付款、延期履行等方案。若包工头确无履行能力，可要求其提供担保（如房产、车辆抵押）或分期赔偿，减少直接诉讼的耗时耗力。

总结：甲方需以“固定证据-区分责任-止损调整-财产保全-协商调解”为步骤，根据包工头的主体身份（个人/挂靠公司）和具体违约情形，选择最有效的维权路径。若涉及复杂法律关系或大额损失，建议直接向我咨询，我将结合具体证据提供针对性方案。