事业干部旷工三个月，根据现行规定，单位通常有权解除其聘用合同。以下是详细分析：

1. 事业单位人事管理规定
   根据《事业单位人事管理条例》第十五条，事业单位工作人员连续旷工超过15个工作日，或1年内累计旷工超过30个工作日的，单位可以解除聘用合同。旷工三个月（约60个工作日）已远超法定标准，单位有权直接解除合同，且无需支付经济补偿。

2. 处理流程与注意事项

   • 程序合法性：单位需提前完成调查取证（如考勤记录、旷工通知等），并经职工代表大会或全体职工讨论决定，确保程序合规。
     
   • 书面通知义务：解除合同需以书面形式通知本人，并告知其申诉权利（如向人事争议仲裁机构申请仲裁）。
     
   • 档案与社保转移：单位应在解除合同后15日内办理档案和社会保险关系转移手续，避免后续纠纷。

3. 特殊情形补充说明

   • 医疗期或特殊原因：若旷工因患病或非因工负伤且在医疗期内，单位需根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》处理，可能无法直接解除合同。
     
   • 单位规章制度：若单位内部规定对旷工处罚更严格（如缩短旷工期限），需确保该规定已通过民主程序制定并公示，否则可能因与上位法冲突而无效。

4. 对干部个人的影响

   • 职业记录：解除合同记录将纳入个人档案，可能影响未来求职或晋升。
     
   • 社保与补偿：因旷工被解除合同者，通常无法领取失业保险金（需非本人意愿中断就业），且单位无需支付经济补偿。

建议：若您或相关人员涉及此类情况，可进一步提供具体细节（如旷工原因、单位规章制度等），我将协助分析处理方案的合法性与合理性。