事业单位工作人员旷工超过三个月，事业单位可以解除聘用合同。具体分析如下：

一. 事业单位旷工规定

1. 连续旷工：根据《事业单位人事管理条例》第十五条，事业单位工作人员连续旷工超过15个工作日，事业单位可以解除聘用合同。旷工超过三个月，即旷工超过90天（按每月30天计算），远超15个工作日的界限，因此事业单位有权解除聘用合同。

2. 累计旷工：同样根据《事业单位人事管理条例》第十五条，事业单位工作人员1年内累计旷工超过30个工作日的，事业单位也可以解除聘用合同。旷工三个月显然也超过了这一累计旷工的界限。

二. 解聘的法律依据与程序

• 事业单位在解除聘用合同时，应确保有充分的法律依据，并遵循相应的程序。旷工超过三个月这一事实，为事业单位提供了充分的解聘理由。
• 在实际操作中，事业单位应首先确认旷工事实，并收集相关证据。然后，按照单位内部的人事管理制度和程序，进行解聘决定的作出和通知。

三. 解聘后的后续处理

• 解聘决定作出后，事业单位应及时为被解聘人员办理解聘手续，包括但不限于工作交接、薪资结算、社保关系转移等。
• 同时，事业单位也应注意保护被解聘人员的合法权益，确保其能够顺利离职并找到新的工作机会。

我建议：事业单位在面临工作人员旷工超过三个月的情况时，应及时采取措施，依据相关法律法规和单位内部规定，作出解聘决定并办理解聘手续。如有进一步需要，您可以继续咨询我。