针对事业单位干部长期旷工的问题，这是一个需要严肃对待并依据相关法律法规及单位内部规章制度进行妥善处理的情况。以下是我为您提供的详细分析和建议：

一、旷工的认定

旷工是指事业单位工作人员在未经批准、无正当理由的情况下不到岗工作的行为。这包括但不限于未请假或请假未获批准而擅自离岗、请假期满无正当理由逾期不归等情况。对于长期旷工，即连续旷工超过一定天数（如15个工作日）或一年内累计旷工超过一定天数（如30个工作日），将构成更为严重的违规行为。

二、旷工的处理方式及程序

1. 初步调查与记录：

   • 单位应及时对旷工事实进行调查核实，确保处理依据充分确凿。
   • 准确记录旷工的日期、时长等信息，作为后续处理的依据。

2. 批评教育与警告：

   • 对于初次或情节较轻的旷工，单位可以进行口头或书面警告，提醒其违规后果，并要求其立即改正。

3. 经济处罚：

   • 根据旷工天数和严重程度，单位可以相应扣除旷工人员的绩效工资或基本工资。但需注意，扣发工资的幅度需符合法律规定，以保障劳动者的基本生活需求。

4. 纪律处分：

   • 对于多次旷工或情节严重的干部，单位可以给予警告、记过、记大过等行政处分。
   • 若旷工行为恶劣，造成重大负面影响或损失，单位还可以考虑降低其岗位等级或撤职。

5. 解除聘用合同：

   • 对于连续旷工超过15个工作日或一年内累计旷工超过30个工作日的干部，单位有权依据《事业单位人事管理条例》及相关法律法规解除与其签订的聘用合同，即予以开除处理。

6. 处理程序：

   • 单位在作出处理决定前，应确保处理程序合法合规，包括调查核实、作出决定、通知告知等步骤。
   • 书面通知旷工人员处理决定，并告知其申诉和救济权利。

三、法律风险防范与申诉处理

1. 依法处理：

   • 所有处理措施需有明确的法律依据和规章制度支撑，避免引发劳动纠纷。

2. 规章制度合法性：

   • 确保单位规章制度经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定，以保证其合法性和有效性。

3. 申诉渠道：

   • 为被处理干部提供申诉渠道，认真审查申诉理由，作出公正复查决定。这有助于保障员工的合法权益，并增强处理决定的公正性和可信度。

四、其他注意事项

1. 建立完善考勤制度：

   • 单位应完善考勤制度和劳动纪律，明确旷工的定义和处罚措施，以减少争议和纠纷的发生。

2. 关注员工权益：

   • 在处理旷工问题时，单位应关注员工的合法权益，确保处理过程公正透明，避免侵犯员工的合法权益。

3. 加强沟通与了解：

   • 在处理旷工问题前，单位可以尝试与旷工干部进行沟通，了解其旷工的具体原因和情况，以便采取更加合理和有效的处理措施。

综上所述，事业单位在处理干部长期旷工问题时，应综合考虑旷工的严重性、单位的规章制度以及相关法律法规的要求，确保处理决定的合法性和合理性。同时，单位也应注重保障员工的合法权益，通过合法、公正、公开的处理程序来维护单位的正常秩序和员工的合法权益。