分公司负责人的变更确实主要由总公司决定，但整个变更过程需遵循一定的法律程序和规定。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

1. 总公司决策权

   • 法律基础：根据《公司法》及相关公司章程的规定，分公司作为总公司的分支机构，其负责人的任免通常由总公司进行决策。总公司有权根据业务需要、管理策略或个人表现等因素，决定更换分公司的负责人。
   • 操作建议：总公司应通过正式的董事会或高层会议进行决策，并出具任命文件或决议，以确保决策的合法性和有效性。

2. 变更程序与文件准备

   • 变更程序：分公司负责人的变更不仅涉及总公司的内部决策，还需按照工商行政管理部门的要求，完成一系列变更登记手续。这包括提交变更申请、准备必要文件、接受审核等步骤。
   • 文件准备：在变更过程中，需准备的文件包括但不限于《分公司登记申请书》（法定代表人签署并加盖总公司公章）、《指定代表或者共同委托代理人授权委托书》、分公司营业执照正副本、原任与新任负责人的任免文件、新任负责人身份证件复印件等。若涉及特殊行业，还需提交行业主管部门的批准文件或许可证件复印件。

3. 法律后果与责任

   • 合法变更：若总公司按照法律程序和规定完成分公司负责人的变更，且变更过程合法合规，则新任负责人将依法承担相应的法律责任和义务。
   • 非法变更：若总公司未按照法律程序和规定进行变更，或变更过程中存在违法行为（如伪造文件、提供虚假信息等），则可能面临工商行政管理部门的处罚，甚至可能引发法律纠纷和诉讼。

4. 实际操作中的注意事项

   • 内部沟通：在变更分公司负责人之前，总公司应与分公司进行充分沟通，确保变更的顺利进行和业务的连续性。
   • 信息更新：变更完成后，总公司应及时更新公司章程、股东名册、员工手册等内部文件，并在公司网站、社交媒体平台等渠道发布负责人变更的公告，以确保信息透明。
   • 后续事项处理：与新负责人签订劳动合同，明确双方权利义务；办理社保和公积金的转移手续；根据实际情况处理税务、银行等相关信息的变更。

总结与建议：分公司负责人的变更是一个涉及多个环节和法律知识点的复杂过程。为确保变更的顺利进行和合法合规，建议总公司在开始之前详细了解并遵循相关法律法规和工商行政管理部门的要求。若在变更过程中遇到任何问题或疑问，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。