结论：在没有结婚的情况下，去司法局做了亲子鉴定发现不是亲生，三年后是否可以上诉赔偿，这主要取决于是否满足提起侵权诉讼的条件以及是否超过了诉讼时效。一般情况下，若满足条件且未超过诉讼时效，是可以提起诉讼要求赔偿的。以下从几个方面进行详细分析：
一、是否满足提起侵权诉讼的条件
侵权行为的存在：
- 在此情况下，若一方在明知或应知孩子非亲生的情况下，仍欺骗另一方，导致另一方在不知情的情况下抚养了非亲生子女，这构成了一种欺诈行为，侵犯了另一方的知情权和抚养权。
损害结果的发生：
- 另一方因抚养非亲生子女而遭受了经济损失（如抚养费、教育费等）和精神损害（如情感创伤、名誉受损等）。
侵权行为与损害结果之间的因果关系：
- 欺诈行为与另一方遭受的经济损失和精神损害之间存在直接的因果关系。
二、诉讼时效的问题
一般诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
诉讼时效的中断与延长：
- 如果在这三年期间内，因某些原因（如双方协商、一方承诺赔偿等）导致诉讼时效中断，那么从中断时起，诉讼时效期间会重新计算。
- 在某些特殊情况下，如权利人因不可抗力或其他障碍不能行使请求权的，诉讼时效可能会中止，待中止原因消除后继续计算。但这种情况较为少见，且需要具体证据支持。
三年后的诉讼可能性：
- 如果从知道或应当知道权利受到损害之日起已经超过了三年，且没有诉讼时效中断或中止的情形，那么一般情况下，另一方将失去通过诉讼要求赔偿的权利。
- 然而，如果另一方能够证明在三年内曾向对方主张过权利（如通过书面通知、律师函等方式），或者存在其他导致诉讼时效中断或中止的情形，那么仍然有可能在三年后提起诉讼。
三、实际操作建议
收集证据：
- 保留亲子鉴定报告、抚养费支出凭证、与对方的沟通记录等证据，以证明侵权行为的存在、损害结果的发生以及侵权行为与损害结果之间的因果关系。
咨询专业律师：
- 在决定提起诉讼前，建议咨询专业律师，评估案件的胜诉可能性以及可能获得的赔偿金额。
及时提起诉讼：
- 如果决定提起诉讼，应尽快向法院提交起诉状和相关证据，以免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。
最后，每个案件的具体情况都有所不同，因此在实际操作中需要根据具体情况进行灵活应对。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。