伤者意外险保险公司垫付的医药费是否应从肇事车险中扣除，需分情况讨论：

1. 若伤者意外险与肇事车险为不同法律关系下的独立保险
   意外险属于人身保险范畴，其赔付基于被保险人因意外事故遭受的人身损害，与肇事方的侵权责任无直接关联。此时，保险公司垫付的医药费属于对被保险人（伤者）的合同履行，不应从肇事车险的赔偿中扣除。肇事方仍需根据其责任比例，全额承担伤者的医疗费、误工费等法定赔偿项目。

2. 若伤者意外险与肇事车险存在责任竞合或代位求偿情形
   若伤者意外险条款中明确约定“保险公司垫付后取得对第三方的追偿权”（即代位求偿），或肇事方与伤者意外险的保险公司达成协议，同意将垫付部分纳入肇事方赔偿范围，则可能从肇事车险中扣除。但需满足以下条件：

   • 肇事方对事故负有全部或部分责任；
     
   • 伤者意外险的保险公司已实际垫付医药费；
     
   • 扣除金额不超过肇事方依法应承担的赔偿限额。
     

3. 实务操作中的关键点

   • 保险合同条款：需仔细审查伤者意外险的合同条款，确认是否存在代位求偿权或垫付后扣除的约定；
     
   • 责任划分：肇事方的赔偿责任需以交警部门出具的《事故责任认定书》为依据，明确责任比例；
     
   • 赔偿顺序：通常先由肇事方的交强险在限额内赔偿，不足部分由商业三者险补充，最后由肇事方个人承担。意外险的垫付不影响这一顺序，但可能影响最终赔偿金额的分配。
     

建议：若涉及复杂情况（如多方责任、保险条款争议等），建议伤者或肇事方及时收集相关证据（如保险合同、事故认定书、医疗票据等），并向我进一步咨询，以便更精准地分析法律关系及赔偿方案。