肇事司机垫付医药费后，其垫付的费用通常可以在后续的理赔或赔偿过程中予以扣除。以下是详细的解释和操作步骤：

一、扣除的法律依据

根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，在交通事故处理中，肇事司机垫付医药费后，从赔偿总额中扣除是有明确依据的。这是为了保障各方的合法权益，避免重复赔偿，确保赔偿的公平性和合理性。

二、扣除的具体操作

1. 达成协议约定扣除：

   • 如果双方事先就赔偿事宜达成了协议，可以在协议中明确约定扣除已垫付的医药费。例如，在赔偿协议中写明：“肇事司机已垫付XX元医药费，在总赔偿额中扣除。”
   • 这种方式可以避免后续的纠纷，确保双方对赔偿金额有清晰的认知。

2. 未达成协议时由法院判断处理：

   • 如果双方未就赔偿事宜达成协议，那么在后续的诉讼过程中，法院会根据具体案件的实际情况，如医药费的合理性、必要性等进行判断和处理。
   • 法院会审查垫付的医药费是否合理、必要，是否超出了治疗所需的范围。只有合理且必要的医疗费用，才会被认定为可以从总赔偿额中扣除。

三、注意事项

1. 保留垫付凭证：

   • 肇事司机在垫付医药费后，一定要妥善保留好相关的垫付凭证，如支付凭证、医院的收费发票等。这些凭证在后续的理赔或诉讼过程中将作为重要的依据，以证明其已垫付的事实和金额。

2. 确保医药费的合理性：

   • 肇事司机在垫付医药费时，应尽量选择合理且必要的医疗项目和服务。一些不合理的高额检查费、高价药品费用等，可能不会被认定为可扣除的医药费。

3. 及时与保险公司和对方沟通：

   • 肇事司机在垫付医药费后，应及时与保险公司和对方沟通，明确费用承担情况。如果垫付的费用属于保险公司应当支付的范畴，可以向保险公司申请赔付。如果需要与对方按照责任分摊费用，可以向对方主张返还应当由对方负担的部分医疗费。

四、总结

肇事司机垫付医药费后，其垫付的费用通常可以在后续的理赔或赔偿过程中予以扣除。但扣除的前提是垫付的医药费必须合理且必要，并且肇事司机需要妥善保留好相关的垫付凭证。如果双方就赔偿事宜达成协议，可以在协议中明确约定扣除事宜；如果未达成协议，则由法院根据具体情况进行判断和处理。