1. 关于保险公司扣除医药费的问题
   若保险公司认为医药费不属于车祸导致（例如因自身疾病、既往病史或非必要治疗产生），有权在赔偿金中扣除该部分费用。但需满足以下条件：
   

• 举证责任：保险公司需提供充分证据（如医疗鉴定报告、病历记录等）证明费用与事故无直接因果关系；
  
• 合同依据：保险合同中需明确约定“非事故直接导致的费用不予赔付”的条款，且该条款需符合《保险法》的公平性要求（如未尽到提示说明义务，条款可能无效）。
  

例外情形：若肇事方或受害方能证明费用与事故存在必然关联（如事故引发并发症治疗），保险公司不得扣除。

1. 关于肇事方垫付费用的承担问题
   若肇事方已垫付被保险公司拒赔的医药费，责任承担需分情况讨论：
   

• 若费用确属事故导致：肇事方可要求保险公司将垫付款项直接支付给自己，或通过诉讼主张保险公司履行赔付义务；
  
• 若费用与事故无关：肇事方垫付后可能无法通过保险追偿，需自行与受害方协商返还，或通过诉讼主张返还（需以“不当得利”为由，但需承担举证责任）。
  

实务建议：肇事方垫付前应要求医院明确费用与事故的关联性，并保留病历、发票等证据；若保险公司拒赔，可申请第三方医疗鉴定或通过诉讼解决争议。

总结：保险公司可扣除非事故导致的医药费，但需举证；肇事方垫付后能否追偿取决于费用是否与事故相关。如有具体证据或合同条款争议，可进一步向我提供细节分析。