可以起诉。针对农村自建房的窗户被人故意遮挡这一情况，我们可以从以下几个角度进行分析：
一、法律关系分析
物权保护：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，物权是权利人依法对特定的物享有直接支配和排他的权利。农村自建房作为您的私有财产，其窗户作为房屋的一部分，同样受到物权法的保护。
- 故意遮挡您的窗户，可能构成对您物权的侵害，您有权要求侵权人停止侵害、排除妨碍、恢复原状，并赔偿因此造成的损失。
相邻权关系：
- 相邻权是指不动产的相邻各方在行使所有权或使用权时，因相互间依法应当给予方便或接受限制而发生的权利义务关系。
- 如果遮挡窗户的行为是由相邻方实施的，且该行为影响了您的通风、采光等相邻权益，您还可以基于相邻权关系要求相邻方停止侵害、排除妨碍。
二、起诉条件与流程
起诉条件：
- 您需要证明存在侵权行为，即有人故意遮挡了您的窗户。
- 您需要证明该侵权行为给您造成了损害，如影响了您的通风、采光，或者造成了房屋价值贬损等。
- 您需要明确侵权人，即知道是谁实施了遮挡行为。
起诉流程：
- 撰写起诉状，明确诉讼请求、事实和理由。
- 收集证据，如现场照片、视频、证人证言等，以证明侵权行为的存在和损害后果。
- 向有管辖权的人民法院提起诉讼，并缴纳诉讼费。
- 等待法院受理、开庭审理，并依法作出判决。
三、可能面临的法律后果
如果法院认定侵权行为成立：
- 侵权人可能需要停止侵害、排除妨碍、恢复原状。
- 侵权人可能需要赔偿您因此造成的损失，包括直接损失和间接损失。
如果法院认定侵权行为不成立：
- 您的诉讼请求可能被驳回。
- 您可能需要承担一定的诉讼费用。
四、建议与注意事项
在起诉前：
- 尝试与侵权人协商解决，看是否能够达成和解协议。
- 如果协商无果，再考虑通过法律途径解决。
在起诉过程中：
- 确保收集的证据充分、合法、有效。
- 遵循法院的诉讼程序和要求，按时出庭、提交证据等。
在起诉后：
- 如果对判决结果不满意，可以在法定期限内提起上诉。
- 如果判决结果生效后，侵权人拒不履行义务，您可以向法院申请强制执行。
如果您遇到了农村自建房的窗户被人故意遮挡的情况，且协商无果，那么起诉是一个可行的法律途径。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。