可以起诉排除妨碍，但需根据具体情况分析胜诉可能性及后续处理方式。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律背景与依据
根据《民法典》中关于相邻关系的规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。若邻居盖房遮挡了您家的后窗户，影响了您的通风、采光等正常生活需求，这可能构成对相邻权的侵犯。在此情况下，您有权要求邻居停止侵害、排除妨碍。
二、关于您开设天窗的行为
若天窗开设合法：
- 如果您开设天窗的行为符合相关建筑规范、规划要求以及物业管理规定，且未对邻居造成新的妨碍或损害，那么这一行为本身并不影响您之前因邻居盖房遮挡窗户而享有的排除妨碍请求权。
- 您仍然可以基于相邻权受侵害的事实，向法院提起诉讼，要求邻居排除妨碍，如拆除遮挡物或采取其他补救措施。
若天窗开设不合法：
- 如果您开设天窗的行为违反了相关建筑规范、规划要求或物业管理规定，那么这一行为可能构成违法建设或违规改造。
- 在此情况下，虽然您仍然可以就邻居盖房遮挡窗户的问题提起诉讼，但邻居可能会以您自身存在违法行为为由进行抗辩，试图减轻或免除其责任。不过，这并不影响您基于相邻权受侵害而提出的排除妨碍请求的合法性，只是可能在诉讼中面临一定的复杂性和不确定性。
三、诉讼建议与后续处理
收集证据：
- 在提起诉讼前，您应收集相关证据，如照片、视频、规划图纸等，以证明邻居盖房确实遮挡了您家的后窗户，并影响了您的正常生活。
- 同时，如果您开设了天窗，也应准备相关证据证明其合法性（如规划许可、物业同意等），以应对可能的抗辩。
提起诉讼：
- 您可以向法院提起相邻权纠纷之诉，要求邻居停止侵害、排除妨碍。
- 在诉讼过程中，您应明确诉讼请求，如要求邻居拆除遮挡物、恢复原状或采取其他补救措施。
后续处理：
- 如果法院判决支持您的诉讼请求，邻居应履行判决义务，排除妨碍。
- 如果邻居不履行判决义务，您可以向法院申请强制执行。
- 同时，您也应考虑与邻居进行协商和解，以寻求更和谐、更高效的解决方案。
四、可能面临的法律后果
若胜诉：
- 邻居将需要承担排除妨碍的责任，如拆除遮挡物或采取其他补救措施。
- 如果邻居不履行判决义务，可能会面临罚款、拘留等强制执行措施。
若败诉：
- 您可能需要承担诉讼费用等不利后果。
- 但败诉并不意味着您无法再就相邻权问题提起诉讼或寻求其他救济途径，只是在此次诉讼中未能获得法院的支持。
建议您在提起诉讼前咨询专业律师（即向我咨询），以更全面地评估胜诉可能性及制定合适的诉讼策略。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。