结论：针对父亲将房屋自愿赠与给儿子个人所有，几年后去世女儿不认可该赠与协议的情况，解决方式主要依赖于赠与协议的合法性、有效性以及女儿是否具有合法的继承权或异议权。以下从多个角度进行分析：
一、赠与协议的合法性与有效性
赠与协议的成立与生效：
- 赠与协议需满足《中华人民共和国民法典》中关于合同成立与生效的一般规定，即双方意思表示真实，内容合法，不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
- 若赠与协议符合上述条件，且已办理房屋过户手续，则赠与行为已完成，房屋所有权已转移至儿子名下。
赠与协议的公证与见证：
- 虽然公证并非赠与协议生效的必要条件，但经过公证的赠与协议在证据效力上更强，更能证明赠与行为的真实性和合法性。
- 若赠与协议未经公证，但有其他证据（如证人证言、录音录像等）证明赠与行为的真实性，也可能被法院认可。
二、女儿的继承权与异议权
继承权的丧失：
- 根据《中华人民共和国民法典》的规定，继承人有下列行为之一的，丧失继承权：故意杀害被继承人；为争夺遗产而杀害其他继承人；遗弃被继承人，或者虐待被继承人情节严重；伪造、篡改、隐匿或者销毁遗嘱，情节严重；以欺诈、胁迫手段迫使或者妨碍被继承人设立、变更或者撤回遗嘱，情节严重。
- 若女儿不存在上述行为，则她作为法定继承人，对父亲的遗产（包括赠与前的房屋）享有继承权。但赠与行为完成后，房屋已不属于父亲的遗产范围。
异议权的行使：
- 若女儿认为赠与协议存在欺诈、胁迫等情形，导致赠与行为无效或可撤销，她可以在知道或应当知道撤销事由之日起一年内行使撤销权。
- 女儿需提供充分证据证明赠与协议存在上述情形，否则法院可能不予支持其异议。
三、解决方式与建议
协商解决：
- 家庭成员之间可以尝试通过协商解决纠纷，达成和解协议。这有助于维护家庭关系，减少诉讼成本和时间。
诉讼解决：
- 若协商无果，女儿可以向法院提起诉讼，请求确认赠与协议无效或撤销赠与行为。
- 法院将根据双方提供的证据和法律规定进行审理，并作出判决。若判决赠与协议无效或撤销赠与行为，则房屋将恢复至赠与前的状态，成为父亲的遗产范围，女儿作为法定继承人将享有相应的继承权。
法律建议：
- 在处理此类纠纷时，建议家庭成员保持冷静和理性，避免情绪化行为。
- 咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导，确保自身权益得到充分保护。
- 保留好所有相关证据（如赠与协议、房屋过户手续、证人证言等），以便在诉讼中提供有力支持。
进一步思考：在处理此类家庭财产纠纷时，除了法律手段外，还可以考虑通过家庭调解、心理咨询等方式化解矛盾，促进家庭和谐。若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。