结论：要撰写一份协议证明农村宅基地不动产权上虽加有您姑姑的名字，但房子实际与她无关，关键在于明确协议内容，确保协议合法有效，并建议进行公证以增强法律效力。以下是从不同角度给出的详细分析和建议：

一、协议内容要点

1. 明确双方身份及宅基地信息：

   • 协议开头应清晰写明您和您姑姑的姓名、身份证号码等基本信息。
   • 详细描述宅基地的具体位置、面积、不动产权证书编号等信息，确保宅基地的唯一性和可识别性。

2. 声明宅基地及房屋的实际归属：

   • 明确声明宅基地及地上房屋的实际所有权归您所有，您姑姑仅作为名义上的共有人，不享有任何实际权益。
   • 可以详细描述房屋的建造、装修、维护等费用均由您承担，进一步证明房屋的实际归属。

3. 约定双方权利义务：

   • 明确您姑姑在宅基地及房屋上的权利限制，如不得擅自处置、不得主张任何权益等。
   • 约定您姑姑应配合您办理相关手续，如不动产权证书的变更、注销等。

4. 违约责任及争议解决方式：

   • 约定若您姑姑违反协议约定，应承担的违约责任，如赔偿损失、支付违约金等。
   • 明确争议解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等，并选择对您有利的争议解决地。

二、协议合法性及有效性

1. 遵守法律法规：

   • 协议内容应遵守国家法律法规，不得违反强制性规定或公序良俗。
   • 特别注意宅基地的使用权转让、共有权设立等法律规定，确保协议内容合法合规。

2. 双方真实意思表示：

   • 协议应体现您和您姑姑的真实意思表示，不存在欺诈、胁迫等情形。
   • 建议双方在签署协议前进行充分沟通，确保对协议内容无异议。

3. 协议形式要件：

   • 协议应以书面形式订立，并由双方签字或盖章确认。
   • 若可能，建议对协议进行公证，以增强其法律效力。

三、公证建议

1. 公证的作用：

   • 公证可以证明协议的真实性、合法性，增强协议的法律效力。
   • 在发生争议时，公证协议可以作为有力证据，有助于快速解决争议。

2. 公证流程：

   • 双方携带身份证、不动产权证书、协议等相关材料前往公证处申请公证。
   • 公证处会对协议内容进行审查，确认无误后出具公证书。

四、后续行动建议

1. 及时办理不动产权证书变更：

   • 若条件允许，建议尽快办理不动产权证书的变更手续，将您姑姑的名字从证书上移除。
   • 这可以进一步证明房屋的实际归属，减少潜在纠纷。

2. 保留相关证据：

   • 保留好与宅基地及房屋相关的所有证据，如建造合同、装修发票、维护记录等。
   • 这些证据在发生争议时可以作为有力支持，证明房屋的实际归属和您的权益。

最后，撰写一份证明农村宅基地不动产权上虽加有您姑姑名字但房子实际与她无关的协议，需要明确协议内容、确保协议合法有效，并建议进行公证以增强法律效力。若您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。