核心结论：可以通过签订一份详细的《房屋权属协议》来明确该房屋实际归哥哥所有，但需注意协议的合法性、有效性以及后续可能面临的风险。以下从协议内容、法律风险、操作建议三个角度为你详细分析：

协议内容

1. 明确双方身份信息：在协议开头清晰写明哥哥和弟弟的姓名、身份证号、联系方式等基本信息，确保协议主体明确。
2. 房屋基本情况：详细描述房屋的具体位置（包括农村的具体地址、门牌号等）、建筑面积、结构、建造时间等信息，最好能附上房屋的平面图或相关照片，以便准确界定房屋范围。
3. 权属声明：明确说明虽然房屋是以弟弟的名义建造，但实际出资人为哥哥，房屋的所有权、使用权、收益权等一切权益均归哥哥所有。例如可以这样表述：“甲方（哥哥）出资在[具体地址]建造房屋一套，该房屋虽登记在乙方（弟弟）名下，但实际所有权归甲方所有，乙方对此予以确认。”
4. 双方权利义务
   • 哥哥的权利义务：哥哥享有房屋的占有、使用、收益和处分的权利；负责房屋的建造费用、日常维护费用等与房屋相关的所有费用。
   • 弟弟的权利义务：弟弟有义务配合哥哥办理与房屋相关的一切手续，包括但不限于产权登记、变更等；未经哥哥书面同意，不得擅自处分该房屋，如出售、抵押、出租等。
5. 违约责任：明确约定如果一方违反协议约定，应承担的违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。例如：“若乙方违反本协议约定，擅自处分该房屋，应向甲方支付房屋市场价值[X]%的违约金，并赔偿甲方因此遭受的全部损失。”
6. 争议解决方式：约定双方在履行协议过程中如发生争议，应通过协商解决；协商不成的，可向有管辖权的人民法院提起诉讼。
7. 协议生效条件：明确协议自双方签字（或盖章）之日起生效，或者约定其他生效条件，如经过公证后生效等。

法律风险

1. 农村房屋产权限制：农村房屋的产权受到土地政策的限制，一般情况下，农村房屋只能在本村集体经济组织成员之间流转。如果哥哥不是本村集体经济组织成员，即使签订了协议，房屋的产权也可能无法完全转移到哥哥名下，且该协议可能面临被认定为无效的风险。
2. 协议的对外效力：该协议只在哥哥和弟弟之间具有法律效力，对第三人不具有约束力。如果弟弟将房屋擅自出售给第三人，且第三人符合善意取得的条件，哥哥可能会面临失去房屋的风险。
3. 政策变化风险：农村的土地政策和房屋管理政策可能会随着时间的变化而调整，如果政策发生变化，可能会影响协议的履行和房屋的权属。

操作建议

1. 保留出资证据：哥哥要保留好建造房屋的出资凭证，如转账记录、收据、发票等，以证明房屋的实际出资人为自己。
2. 办理公证手续：为了增强协议的证明力和法律效力，建议哥哥和弟弟一起到公证处对协议进行公证。公证机构可以对协议的真实性、合法性进行审查，并出具公证书。
3. 及时办理产权变更：如果符合农村房屋产权变更的条件，哥哥应尽快与弟弟办理房屋的产权变更手续，将房屋登记在自己名下，以避免后续可能出现的纠纷。

如果你在签订协议过程中还有其他疑问，或者需要进一步了解农村房屋相关的法律问题，欢迎随时向我咨询。