结论前置：夫妻分居三年后女方向男方借钱不还，男方是可以起诉的。以下从多个角度进行分析：
一、法律关系分析
借贷关系的成立：
- 无论双方是否为夫妻关系，只要存在真实的借贷合意，并且借款已经实际交付，借贷关系即成立。在此情况下，女方作为借款人，有义务按照约定的期限和方式归还借款。
- 即便双方处于分居状态，这并不影响借贷关系的法律效力。分居只是夫妻关系的一种特殊状态，并不改变双方作为民事主体的法律地位和权利义务。
夫妻财产制度的影响：
- 如果双方在婚姻关系存续期间没有约定财产制度，那么根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，婚姻关系存续期间所得的财产一般属于夫妻共同财产。但在此案例中，由于双方已经分居三年，且借款行为发生在分居期间，如果男方能够证明该借款并未用于夫妻共同生活或共同经营，那么该借款可能被视为女方的个人债务。
- 如果双方在婚姻关系存续期间约定了财产制度，如分别财产制，那么借款更可能被视为女方的个人债务，男方有权要求女方单独偿还。
二、起诉的法律依据和流程
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，借款人应当按照约定的期限返还借款。对借款期限没有约定或者约定不明确，依据本法第五百一十条的规定仍不能确定的，借款人可以随时返还；贷款人可以催告借款人在合理期限内返还。
- 如果女方未按照约定归还借款，男方有权向人民法院提起诉讼，要求女方归还借款及可能产生的利息或违约金。
起诉流程：
- 男方需要准备起诉状，明确诉讼请求、事实和理由，并附上相关证据材料，如借款合同、转账记录、聊天记录等。
- 男方需要向有管辖权的人民法院提交起诉状和证据材料，并缴纳诉讼费用。
- 人民法院在受理案件后，会依法进行审理，并根据事实和法律规定作出判决。如果女方未履行判决义务，男方还可以申请强制执行。
三、可能面临的法律后果和注意事项
法律后果：
- 如果法院认定借贷关系成立且女方未履行还款义务，那么女方可能需要承担归还借款、支付利息或违约金等法律责任。
- 如果女方拒不履行判决义务，还可能面临被强制执行、列入失信被执行人名单等法律后果。
注意事项：
- 男方在起诉前应尽可能收集充分的证据材料，以证明借贷关系的成立和女方的未还款事实。
- 男方在起诉时应注意诉讼时效的问题，避免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。
- 如果双方对借款事实存在争议，男方可能需要通过法律程序进行举证和质证，以维护自己的合法权益。
总结与建议：夫妻分居三年后女方向男方借钱不还，男方是可以起诉的。在起诉前，男方应尽可能收集充分的证据材料，并了解相关的法律知识和起诉流程。如果男方对法律程序不熟悉或担心自己的权益无法得到充分保障，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。