结论：上班途中被电瓶车撞了且您承担次要责任时，公司是否全额赔偿误工费需分情况讨论，一般情况下公司不会全额赔偿，而是根据责任比例分担损失。以下从法律责任划分、误工费赔偿原则及实务操作角度展开分析：

一、法律责任划分：次责意味着您需承担部分损失

根据《道路交通安全法》第七十六条，交通事故赔偿以过错责任原则为核心。若您被认定为次要责任（通常承担30%责任），则对方（电瓶车驾驶人）需承担主要赔偿责任（70%），而您需自行承担剩余30%的损失。这一比例是后续赔偿计算的基础。

举例：若您的误工费总额为1万元，对方需赔偿7000元（70%），剩余3000元（30%）需由您自行承担或通过其他途径（如商业保险）弥补。

二、误工费赔偿原则：公司是否赔偿需看责任归属

误工费是指因交通事故导致无法正常工作而减少的收入，其赔偿主体需根据责任划分确定：

1. 对方赔偿部分：对方作为主要责任方，需赔偿您因误工减少的收入，计算方式为：
   误工费 = 实际收入损失 × 对方责任比例（70%）
   若您有固定收入，按实际减少的收入计算；无固定收入，可参考最近三年平均收入或当地同行业平均工资。

2. 公司是否赔偿剩余部分：

   • 若公司无过错（如未要求您违规出行、未提供不安全交通工具等），公司无需赔偿您自行承担的30%误工费。
     
   • 若公司存在过错（如强制要求您在危险路段通行、未提供安全培训等），您可主张公司按过错比例补充赔偿，但需举证公司过错与事故的因果关系。

实务建议：若您希望公司承担部分损失，需收集证据证明公司存在过错（如工作安排记录、安全培训记录等），否则公司大概率无需赔偿。

三、实务操作：如何最大化保障自身权益？

1. 及时报警并固定证据：事故发生后立即报警，保留交通事故认定书、医疗记录、误工证明等材料，这些是后续索赔的关键证据。
   
2. 与对方协商赔偿：优先与对方协商赔偿事宜，明确对方需承担的70%误工费及其他费用（如医疗费、护理费等）。
   
3. 向公司申请补充赔偿（如有依据）：若公司存在过错，可向公司提出补充赔偿请求，但需做好举证准备。
   
4. 通过法律途径解决：若协商无果，可向法院起诉对方及公司（如公司有过错），要求按责任比例赔偿误工费及其他损失。

四、特殊情形：工伤保险与误工费的关系

若您被认定为工伤（如上下班途中受到非本人主要责任的交通事故伤害），可同时享受工伤保险待遇和交通事故赔偿，但需注意：

• 误工费与停工留薪期工资：工伤保险中的停工留薪期工资与交通事故中的误工费性质相似，但二者不可重复主张。通常按“就高不就低”原则处理，即选择较高的一项进行赔偿。
  
• 实务操作：若您已获得对方赔偿的误工费，且金额高于工伤保险待遇，公司无需再支付停工留薪期工资；反之，公司需补足差额。

总结：上班途中被电瓶车撞且承担次责时，误工费赔偿需分步骤处理：首先由对方按70%比例赔偿，剩余30%原则上由您自行承担（除非公司存在过错）。若涉及工伤，还需协调工伤保险待遇与交通事故赔偿的关系。建议您根据实际情况收集证据，必要时咨询专业律师以维护权益。如有进一步问题，可直接向我咨询。