建设工程款纠纷在双方存在有效仲裁协议的前提下，是可以通过仲裁方式解决的。以下从多个角度为您详细分析：

一、法律依据与仲裁适用性

根据《中华人民共和国仲裁法》第二条的规定，平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。建设工程款纠纷作为典型的合同纠纷，自然属于可仲裁的范围。同时，该法第三条也明确排除了婚姻、收养、监护、扶养、继承纠纷以及依法应当由行政机关处理的行政争议等不可仲裁的情形，而建设工程款纠纷并不在此列。

二、仲裁协议的重要性与内容要求

1. 仲裁协议的重要性：仲裁协议是仲裁的前提和基础，它表明双方当事人愿意将纠纷提交仲裁解决的意愿。没有有效的仲裁协议，仲裁机构将无权受理纠纷。

2. 仲裁协议的内容要求：

   • 明确仲裁意愿：仲裁协议应清晰表明双方当事人愿意将建设工程款纠纷提交仲裁解决的意愿。
   • 选定仲裁机构：必须明确具体的仲裁机构名称，如“XX仲裁委员会”，以确保仲裁条款的有效性。若仲裁机构约定不明确，可能导致仲裁条款无效。
   • 仲裁事项范围：仲裁协议应详细列出可仲裁的事项范围，涵盖建设工程款纠纷中可能产生的所有争议类型，如工程款的结算与支付、工程质量与价款的关联争议等。

三、仲裁的优势与适用场景

1. 仲裁的优势：

   • 自愿性：仲裁以双方当事人的自愿为前提，更加灵活，能够更好地满足双方当事人的需求。
   • 专业性：仲裁委员会通常由具有专业知识和经验的专家组成，能够针对建设工程款纠纷中的专业性问题进行准确判断。
   • 保密性：仲裁程序不公开进行，有利于保护双方当事人的商业秘密和隐私。
   • 快捷性：与诉讼相比，仲裁程序通常更为简便、迅速，有助于快速解决纠纷，减少双方当事人的损失。
   • 终局性：仲裁实行一裁终局的制度，裁决作出后即发生法律效力，双方当事人无需再经过上诉等繁琐程序。

2. 适用场景：

   • 合同约定仲裁条款：如果建设工程施工合同中明确约定了仲裁条款，且该条款合法有效，那么双方在发生工程款纠纷时应当按照约定申请仲裁。
   • 争议金额较大或专业性强：对于争议金额较大或涉及专业技术问题的建设工程款纠纷，仲裁因其专业性和高效性而更具优势。
   • 希望保持商业关系：如果双方当事人希望在解决纠纷的同时保持商业关系，仲裁的保密性和灵活性有助于实现这一目标。

四、注意事项与风险防控

1. 确保仲裁协议的效力：仲裁协议是仲裁的前提和基础，必须确保其合法有效。如果仲裁协议存在瑕疵或无效，可能导致仲裁程序无法进行或裁决结果被撤销。

2. 选择合适的仲裁机构和仲裁员：在选择仲裁机构和仲裁员时，应充分考虑其专业背景、经验和声誉等因素，以确保仲裁结果的公正性和权威性。

3. 遵守仲裁程序和规则：在仲裁过程中，双方当事人应严格遵守仲裁程序和规则，按时提交证据材料、参加庭审等，以确保仲裁程序的顺利进行。

4. 了解仲裁费用与风险：仲裁虽然具有诸多优势，但也可能存在费用较高、程序相对复杂等风险。当事人在选择仲裁作为纠纷解决方式时，应充分了解其特性和潜在风险。

综上所述，建设工程款纠纷在双方存在有效仲裁协议的前提下是可以通过仲裁方式解决的。当事人在选择仲裁作为纠纷解决方式时，应充分了解仲裁的相关规定和程序要求，并确保双方已达成有效的仲裁协议。如果您在建设工程款纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。