若停工留薪期超过两年，需根据具体情况判断是否符合延长条件或需转入其他待遇阶段，具体处理方式如下：

1. 核查是否符合延长条件
   根据《工伤保险条例》第三十三条，停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或情况特殊时，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可适当延长，但延长不得超过12个月。若已超过两年（即24个月），需确认是否已履行法定延长程序：

   • 若未申请延长或延长未获批准，则超出部分不属于停工留薪期，用人单位可停止支付原工资福利待遇，转而按伤残等级支付伤残津贴（若构成伤残）或协商其他待遇。
     
   • 若已申请延长且获批准，但实际期限仍超过两年，需进一步核查是否存在程序瑕疵（如鉴定结论错误、未及时重新鉴定等），此时可能需通过劳动仲裁或诉讼确认期限合法性。

2. 转入伤残待遇阶段
   若停工留薪期已届满（含合法延长部分），且经劳动能力鉴定构成伤残等级（一至十级），则用人单位需按《工伤保险条例》第三十五至三十七条支付伤残津贴或一次性伤残补助金：

   • 一至四级伤残：按月支付伤残津贴至退休年龄，并由工伤保险基金补足差额；
     
   • 五至六级伤残：保留劳动关系，由用人单位安排工作或按月支付伤残津贴；
     
   • 七至十级伤残：终止劳动关系时支付一次性工伤医疗补助金和伤残就业补助金。
     注：若未构成伤残，则停工留薪期届满后，用人单位可按规章制度调整岗位或解除劳动合同（需符合《劳动合同法》第四十条、第四十一条规定）。

3. 争议解决途径
   若用人单位与劳动者对停工留薪期期限或待遇支付存在争议，可通过以下方式解决：

   • 协商：双方可就期限、待遇标准进行协商，签订书面协议；
     
   • 劳动仲裁：向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张停工留薪期工资、伤残待遇等；
     
   • 诉讼：对仲裁裁决不服的，可向法院提起诉讼，由法院根据证据和法律规定裁判。
     

建议：若您或您所在单位涉及此类问题，需尽快收集劳动合同、工伤认定书、劳动能力鉴定结论、工资支付记录等证据，并依据上述流程处理。如有具体细节需进一步分析，可直接向我提问。