针对您提出的“停薪留职超过两年怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，停薪留职通常是由单位和员工通过协议来约定的，其期限、条件以及超期后的处理方式等都会在协议中明确。如果停薪留职已经超过了两年，您需要先查看与单位签订的停薪留职协议，看其中是否有关于超期处理的相关约定。

1. 协议有约定：

   • 如果协议中明确规定了停薪留职超过两年的处理方式，那么您和单位都应当按照协议中的约定来执行。

2. 协议无约定：

   • 如果协议中没有关于超期处理的相关约定，那么单位通常会依据其内部规章制度来处理。
   • 单位可能会通知您返岗，如果您无正当理由未按时回来，单位可能会按照旷工来处理，甚至有可能解除与您的劳动合同。

3. 员工因不可抗力超期：

   • 如果您因为不可抗力（如重大疾病、自然灾害等）导致停薪留职超期，您应当及时与单位进行协商，说明情况，并请求延长停薪留职期限或恢复工作。
   • 如果协商不成，且您认为单位的处理方式违法，您可以通过劳动仲裁来维护自己的权益。

以小朱的案例为例，小朱与单位签订了停薪留职协议，但协议期满后小朱未按时返岗，且停薪留职已超过两年。由于协议中未找到超期处理的相关约定，单位依据内部规章制度通知小朱返岗，但小朱未按时回来，也未说明原因。在这种情况下，单位按旷工处理并欲解除劳动合同，在程序上具有合法性。如果小朱有不可抗力等正当理由超期，他应当与单位协商说明情况，但小朱未说明，若认为单位处理违法，则可通过劳动仲裁维护自身权益。

此外，还需要注意的是，不同的地方对于停薪留职的具体规定可能不太一样，因此您还需要结合当地的相关法规以及您和单位之间的约定来执行。

综上所述，面对停薪留职超过两年的情况，您应当先查看协议约定，再根据单位内部规章制度和当地法规来处理。如有必要，及时与单位协商或通过法律途径来维护自己的权益。