针对您提出的“员工实习期间合同工资比实际发的工资低，离职时该如何处理”这一问题，核心结论需分情况讨论，具体如下：

1. 若实际发放工资高于合同约定，且公司无违法情形
   若公司实际发放的工资高于合同约定（例如合同约定3000元，实际发放3500元），且公司能证明差额部分属于合法补贴（如岗位津贴、绩效奖金等），或双方通过口头协议、补充协议变更了工资标准，则公司行为不违法。此时员工离职时，公司只需按实际发放的工资标准结清工资即可，员工无权要求按更高标准补足。但需注意：若公司无法证明差额部分的合法性（如未明确约定补贴性质、未留存发放记录），员工可主张按实际发放的平均工资作为计算经济补偿或赔偿的基数。

2. 若实际发放工资低于合同约定，公司涉嫌违法
   若公司实际发放的工资低于合同约定（例如合同约定5000元，实际仅发放4000元），且无合法理由（如员工缺勤、考核未达标等），则公司行为涉嫌违反《劳动合同法》第20条（试用期工资不得低于约定工资的80%或本单位相同岗位最低档工资）及第30条（用人单位不得克扣或无故拖欠劳动者工资）。此时员工离职时，可采取以下措施：

   • 要求补足工资差额：向公司提出书面异议，要求按合同约定补发工资，并保留工资条、银行流水等证据；
     
   • 主张经济补偿：若因公司拖欠工资被迫离职（需留存书面离职通知，注明离职原因为“未及时足额支付劳动报酬”），可依据《劳动合同法》第38条、第46条要求公司支付经济补偿（工作满6个月按1个月工资计算，不满6个月按半个月工资计算）；
     
   • 投诉或仲裁：若公司拒绝补发或协商无果，可向当地劳动监察大队投诉，或直接申请劳动仲裁，主张工资差额及经济补偿。

3. 若合同工资低于最低工资标准，公司必然违法
   若合同约定的工资低于当地最低工资标准（例如当地最低工资为2200元/月，合同约定2000元），则无论实际发放多少，公司均违反《劳动合同法》第20条及《最低工资规定》。此时员工离职时，除可要求补足至最低工资标准外，还可主张经济补偿，并可向劳动监察部门举报，要求公司承担行政责任（如罚款）。

温馨提示：处理此类纠纷时，务必保留好劳动合同、工资条、银行流水、考勤记录等证据，以便维权时使用。若您有进一步疑问或需具体操作指导，可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细方案。