针对您提出的问题，关于不征税自来水开具商业发票后三年再补税费是否合法，以及如何填写税率，以下是我的详细解答：

一、关于不征税自来水开具商业发票后补税费的合法性

首先，需要明确的是，不征税自来水在开具发票时，通常是在水资源费改税的背景下，城镇公共供水企业缴纳的水资源税在终端水价中单列的部分。这部分水费在开具发票时，会按照“不征增值税自来水”项目开具普通发票，税率栏选择“不征税”，税额栏显示为“***”。这表示这部分水费并不计征增值税。

关于三年后再补税费的问题，这通常不是常规做法。税收的征收和管理应遵循及时性原则，即税费应在发生纳税义务时及时申报和缴纳。如果存在特殊情况，如税务机关对之前的纳税情况进行了核查并发现漏税，那么纳税人可能需要补缴税款。但这种情况下的补税，并不是因为开具了“不征税”发票而延迟三年补税，而是因为之前的纳税义务未被正确履行。

因此，不征税自来水开具商业发票后，并不意味着可以三年后再补税费。如果存在漏税情况，税务机关会依法进行核查并要求纳税人及时补缴。

二、关于税率的填写

对于不征税自来水，在开具发票时，税率栏应选择“不征税”。这是因为这部分水费并不属于增值税的征税范围，而是作为水资源税的一部分在终端水价中单列。因此，在填写发票时，不需要填写具体的税率数值，而是选择“不征税”这一选项。

总结：

1. 不征税自来水开具商业发票后，并不意味着可以三年后再补税费。如果存在漏税情况，税务机关会依法进行核查并要求纳税人及时补缴。
2. 在开具不征税自来水的发票时，税率栏应选择“不征税”，不需要填写具体的税率数值。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的解释，请随时告诉我。