农村信用社公司代替扣章是否合法需分情况讨论，核心判断依据是是否存在合法授权及是否符合法定程序，具体分析如下：

1. 若存在合法有效的授权文件
   若公司（如农村信用社的上级机构或关联企业）通过书面合同、授权委托书等形式，明确获得被扣章方（如企业、个体工商户）的授权，且授权范围包含“代为盖章”等具体权限，同时代扣章行为未违反《民法典》第161条关于民事代理行为的规定（即不违反法律强制性规定或公序良俗），则该行为合法。
   法律依据：《民法典》第161条、第162条（民事主体可通过代理人实施民事法律行为，代理人在授权范围内实施的民事法律行为对被代理人发生效力）。

2. 若无合法授权或授权存在瑕疵
   若公司未经被扣章方同意，擅自使用其公章、合同章等印章（如通过窃取、骗取印章，或伪造授权文件），或授权范围不明确、授权期限已过期，则可能构成《刑法》第280条规定的“伪造公司、企业印章罪”（若情节严重），或至少违反《治安管理处罚法》第52条关于“伪造、变造印章”的规定，同时需承担《民法典》第1165条规定的侵权责任（赔偿被扣章方因印章被滥用导致的损失）。
   典型场景：信用社工作人员私自扣留客户印章用于违规放贷、担保等。

3. 特殊情形：法定扣章程序
   若公司因执行法院判决、仲裁裁决或行政机关的合法决定（如税务机关查封、扣押印章），需依据《民事诉讼法》第254条、《税收征收管理法》第40条等规定，通过法定程序扣押印章，此时虽表现为“代扣章”，但本质是司法/行政强制措施，合法性不依赖被扣章方授权，但需严格遵守程序要求（如出具法律文书、通知当事人等）。

建议行动：

• 若您是被扣章方，需立即核查授权文件真实性、印章使用记录，若发现未经授权的扣章行为，可向公安机关报案（涉嫌犯罪）或向法院起诉要求停止侵害、赔偿损失；
  
• 若您是扣章方，务必确保授权文件完备、程序合法，避免因印章滥用引发连带责任（如表见代理导致的合同效力纠纷）。
  

如有具体案件细节（如授权文件内容、扣章用途等），可进一步向我说明，我会结合证据材料分析法律风险。