关于“公章代扣是否合法”的问题，首先需要明确的是，“公章代扣”这一表述可能涉及两种不同的情况：一是公章的代为保管或使用，二是公章刻制或补办过程中的某些环节由他人代为办理。我将分别就这两种情况给出解答。

一、公章的代为保管或使用

公章作为单位或机构的重要法律凭证，其保管和使用应严格遵循相关法律法规和内部管理制度。一般来说，公章不应随意交由他人代为保管或使用，除非有明确的授权和监管机制。如果未经授权或违反规定将公章交由他人代为保管或使用，可能涉及违法违规行为，如滥用职权、玩忽职守等，甚至可能引发法律纠纷和损失。

二、公章刻制或补办过程中的代为办理

在公章遗失、被盗或损坏等情况下，需要重新刻制或补办公章。这个过程通常涉及一系列的手续和材料准备，如提供营业执照、法人身份证、经办人身份证、授权委托书等。在这些手续中，确实存在由他人代为办理的情况，如非法人亲自办理时需要提供授权委托书。

1. 合法性：在公章刻制或补办过程中，由他人代为办理本身并不违法，但必须确保代为办理的人有合法的授权，并且按照规定的程序和要求进行办理。例如，非法人办理时需要提供法人签署的授权委托书，并明确代为办理的事项和权限。

2. 注意事项：

   • 确保授权委托书的真实性和合法性，避免伪造或篡改。
   • 代为办理的人应熟悉相关流程和要求，确保手续齐全、材料真实。
   • 在办理过程中，应遵守相关法律法规和内部管理制度，不得滥用职权或违规操作。

3. 法律依据：公章的刻制和补办通常受到《印章治安管理办法》等相关法律法规的规范。这些法规明确了公章的刻制、备案、使用和管理等方面的要求，为公章的合法使用提供了法律保障。

总结：

• 公章的代为保管或使用应严格遵循相关法律法规和内部管理制度，未经授权或违反规定可能涉及违法违规行为。
• 在公章刻制或补办过程中，由他人代为办理本身并不违法，但必须确保有合法的授权，并按照规定的程序和要求进行办理。
• 无论是公章的保管、使用还是刻制、补办，都应遵守相关法律法规和内部管理制度，确保公章的合法、安全使用。

如果您有具体的公章代扣情况或疑问，建议咨询专业的法律人士或相关机构以获取更准确的解答。