结论前置：
- 职工违反安全制度，企业不能直接对其进行行政处罚，因为行政处罚权属于行政机关，企业不具备此权力。
- 但企业可以依据合法有效的规章制度采取其他相应措施，如扣减绩效奖金、要求经济赔偿等。
详细分析：
一、行政处罚权的归属
行政处罚是行政机关依法对违反行政管理秩序的公民、法人或者其他组织，以减损权益或者增加义务的方式予以惩戒的行为。罚款作为行政处罚的一种形式，必须由具有处罚权的行政机关或法律、法规授权的组织实施。企业作为非行政机关，不具备法律赋予的行政处罚权力，因此不能直接对员工进行罚款或行政处罚。
二、企业可采取的措施
依据规章制度处理：
- 企业可以依法制定明确的安全生产规章制度，这些规章制度应通过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论），并已向员工公示或告知。
- 当员工违反这些规章制度时，企业可以依据规章制度对违规员工进行相应处理，如扣减绩效奖金、警告、记过、降职等。这些处理方式本质上是基于双方劳动合同关系及企业内部管理规定，而非传统意义上的“行政处罚”。
要求经济赔偿：
- 若员工因违反安全生产规则给企业造成直接经济损失，企业有权要求员工进行赔偿。
- 赔偿金额可以从员工工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。这是为了保护员工的合法权益，防止企业过度扣减工资。
三、遵循法律法规的重要性
企业在处理员工违反安全生产规则的问题时，必须严格遵循法律法规的规定。任何管理措施都应确保合法合规，以避免可能的劳动纠纷和法律风险。例如，企业在制定规章制度时，应确保内容合法、程序正当，并充分保障员工的知情权和参与权。
四、法律建议
- 建议企业完善规章制度：在制定和执行安全生产规章制度时，充分考虑员工的权益和企业的合法权益，确保规章制度的合理性和合法性。
- 加强员工培训：定期对员工进行安全生产培训，提高员工的安全意识和操作技能，减少违规行为的发生。
- 及时咨询法律意见：如在处理员工违规行为过程中遇到疑问或争议，应及时向我咨询以获取准确的法律意见和帮助。
综上所述，职工违反安全制度时，企业不能直接对其进行行政处罚，但可以依据合法有效的规章制度采取其他相应措施，并确保所有管理措施都符合法律法规的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。