公司在处理与工伤员工的劳动关系时，必须严格遵守《中华人民共和国劳动合同法》和《工伤保险条例》等相关法律法规，确保工伤员工的合法权益得到充分保护。以下是对公司如何合法辞退有工伤员工的详细解答：
一、工伤员工受保护的情况
工伤治疗期间与停工留薪期内：
- 员工因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受治疗的，在停工留薪期内，其原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。此期间，公司不得以工伤为由辞退员工，以保障工伤员工能够得到充分的治疗和康复。
工伤认定后：
- 若工伤员工被确认丧失或部分丧失劳动能力，公司同样不能依据《劳动合同法》第四十条（无过失性辞退）或第四十一条（经济性裁员）的规定解除劳动合同。
工伤医疗终结后：
- 如果员工的工伤已经治愈，能够继续从事原工作，或者经过劳动能力鉴定后，公司能为其安排合适的工作岗位，且员工愿意继续工作，公司则不能无故辞退。
二、公司可合法辞退工伤员工的情况
公司并非绝对不能辞退有工伤的员工，但在以下特定情形下可以合法解除劳动合同：
员工主动解除：
- 工伤职工本人提出解除劳动合同，或劳动合同期满终止的，公司需按规定由工伤保险基金支付一次性工伤医疗补助金，并由公司支付一次性伤残就业补助金。
员工存在严重过错：
- 如工伤员工严重违反公司规章制度、严重失职、营私舞弊给公司造成重大损害、与其他用人单位建立劳动关系且影响本职工作、被依法追究刑事责任等，公司可依据《劳动合同法》第三十九条的规定解除劳动合同，且无需支付经济补偿。但在此情况下，公司仍需确保员工的工伤待遇不受影响，并依法支付相应的工伤保险待遇和补偿。
三、违法解除劳动关系的后果
如果公司违法辞退有工伤的员工，可能面临以下法律后果：
支付赔偿金：
- 根据《劳动合同法》第八十七条，公司需按经济补偿标准的二倍向员工支付赔偿金。
恢复劳动关系：
- 员工有权要求公司恢复劳动关系，并补发违法解除期间的工资。
四、应对建议
对于公司：
- 严格遵守法律法规，确保解除劳动关系的合法性。在决定辞退工伤员工前，务必进行充分的法律评估和风险评估。
- 如需解除劳动合同，应确保符合法定情形，并按法定程序操作，如提前通知、支付经济补偿等。
- 按规定为工伤员工支付相应的工伤保险待遇和补偿，包括一次性伤残补助金、一次性工伤医疗补助金、一次性伤残就业补助金等。
- 关注员工权益保护，避免损害员工名誉或尊严的行为，维护公司的良好形象。
对于工伤员工：
- 遭遇违法辞退时，应收集好相关证据（如劳动合同、工伤认定决定书、劳动能力鉴定结论、工资条、辞退通知等）。
- 先与公司协商解决，协商不成可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服还可向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
综上所述，公司在处理有工伤的员工时，必须谨慎行事，确保自己的决定符合法律法规的要求，并充分保护员工的合法权益。如遇疑问或需要帮助，建议咨询专业的劳动法律顾问或律师。