结论：法院依法做出的不起诉决定与行政处罚的严重性不能直接对比，因为二者分属刑事司法与行政执法体系，性质、目的和适用条件均不同。但若从行为后果的严厉程度看，刑事不起诉不意味着行为无责，行政处罚可能仍会施加，且行政处罚的严厉性需结合具体类型判断。以下从法律关系、实务操作和典型案例三个角度展开分析：

一、法律关系：不起诉与行政处罚的独立性

1. 不起诉的性质
   根据《刑事诉讼法》第177条，不起诉分为三种情形：

   • 法定不起诉（如无犯罪事实、已过追诉时效等）；
     
   • 酌定不起诉（犯罪情节轻微，不需判处刑罚或免除刑罚）；
     
   • 证据不足不起诉（证据不足，不符合起诉条件）。
     无论哪种情形，不起诉均代表刑事程序终结，但不否定行为本身的违法性。例如，虚开发票行为可能因情节轻微被酌定不起诉，但该行为仍违反《税收征收管理法》，需接受行政处罚。

2. 行政处罚的独立性
   行政处罚依据《行政处罚法》，针对违反行政管理秩序的行为，目的是维护公共利益和社会秩序。其种类包括警告、罚款、没收违法所得、责令停产停业、吊销许可证等。行政处罚的严厉性取决于具体类型，例如：

   • 罚款：金额可能从几百元到数十万元不等（如《治安管理处罚法》对赌博的罚款上限为3000元）；
     
   • 行政拘留：最长不超过15日（两种以上违反治安管理行为合并执行时最长20日）；
     
   • 吊销许可证：可能直接导致企业无法经营，后果严重。

二、实务操作：不起诉后的行政处罚衔接

1. 证据移交与处罚依据
   检察机关作出不起诉决定后，需将案卷材料移送行政机关（《人民检察院刑事诉讼规则》第373条）。行政机关审查后，若证据满足行政处罚标准（通常低于刑事标准），可依法处罚。例如：

   • 虚开发票案：企业因虚开普通发票被移送起诉，检察院认为情节轻微不起诉，税务机关依据《税收征收管理法》处以罚款并加收滞纳金；
     
   • 非法经营案：个人未经许可销售烟花爆竹，检察院以“社会危害性较小”为由不起诉，应急管理部门依据《治安管理处罚法》处以行政拘留。

2. 处罚种类选择与避免重复

   • 若刑事程序中已采取强制措施（如取保候审保证金），可能抵扣部分罚款金额；
     
   • 刑事没收违法所得后，行政罚款应扣除已没收部分，避免重复处罚。
     例如：某企业因非法排污被刑事立案，检察院不起诉后，环保部门可依据《环境保护法》处以罚款，但需扣除刑事程序中已没收的违法所得。

三、典型案例：不同处罚类型的严厉性对比

1. 案例1：交通肇事不起诉后的行政处罚

   • 案情：甲驾驶机动车发生交通事故，致人重伤，但因主动赔偿、取得谅解，检察院作出酌定不起诉决定。
     
   • 行政处罚：公安机关交通管理部门依据《道路交通安全法》吊销甲的驾驶证，且2年内不得重新取得。
     
   • 对比：吊销驾驶证的严厉性远高于一般罚款，但低于刑事责任（如交通肇事罪可能判3年以下有期徒刑）。

2. 案例2：非法经营不起诉后的行政拘留

   • 案情：乙未经许可销售药品，销售额达10万元，检察院认为情节轻微不起诉。
     
   • 行政处罚：市场监管部门依据《药品管理法》没收违法所得，并处销售额10倍罚款（100万元）；若乙拒不改正，可能被移送公安机关，依据《治安管理处罚法》处以行政拘留。
     
   • 对比：行政拘留的严厉性（最长15日）虽低于刑事拘留，但对个人自由限制直接，且罚款金额可能远超刑事罚金。

四、风险防范建议

1. 对当事人

   • 即使获得不起诉决定，仍需关注行政机关后续动作，及时配合调查、陈述申辩；
     
   • 若认为行政处罚过重，可申请听证或提起行政复议、诉讼。

2. 对执法机关

   • 建立“刑行衔接”信息共享平台，避免遗漏处罚；
     
   • 定期清理长期悬而未决的案件，防止超期处罚。

总结：不起诉与行政处罚的严重性无法直接对比，但需明确：不起诉不等于“免罚”，行政处罚可能仍会施加，且其严厉性取决于具体类型和案件情节。若您涉及具体案件，可直接向我咨询，我会结合案情详细分析。