当公司发现公章被利用时，这是一个涉及法律和管理层面的严重问题，需要立即采取一系列措施来应对。以下是一套清晰、详细且操作性强的处理方案：
一、立即确认使用情况并报警
确认使用情形：
- 首先要迅速核实公章是被内部员工擅自使用，还是被外部人员盗用、冒用。
- 如果是内部员工擅自使用，需进一步了解使用时间、地点、用途等关键信息。
- 如果是外部人员盗用或冒用，应立即收集相关证据，如监控录像、文件副本等。
立即报警：
- 无论哪种情况，都应第一时间向公安机关报案，详细说明公章被利用的时间、地点、可能涉及的具体事项以及已掌握的线索和证据。
- 报案时，需提交公司营业执照副本、法人代表身份证明等相关文件，以证明公司的合法性和报案人的身份。
二、内部调查与追责
展开内部调查：
- 组织公司内部相关部门，如安保部门、法务部门等，对公章被利用前后的情况进行全面梳理。
- 查看监控录像，确定公章的存放位置、最后一次正常使用时间和使用人等关键信息。
- 对员工进行排查，了解近期行为表现和工作状态，特别是与公章管理相关的员工。
追责与处理：
- 根据调查结果，确定责任人，并根据公司规章制度和法律法规对责任人进行严肃处理。
- 如果是内部员工擅自使用，根据公司规章制度进行纪律处分，并反思和完善公章管理制度。
- 如果是外部人员盗用或冒用，配合公安机关的调查工作，以便追究盗用者的法律责任。
三、通知相关方并处理合同问题
及时通知相关方：
- 及时告知与公司有业务往来的单位或个人公章被利用的情况，防止基于被盗用公章的行为与公司形成有效的民事法律关系。
- 通过公开渠道发布声明，表明公章使用未经授权，相关文件不具有法律效力。
处理合同问题：
- 尝试与合同相对方沟通，陈述事实，尝试解除合同或协议。
- 若对方不予配合，可通过法律途径认定合同无效或解除合同，并收集相关证据以支持公司的立场。
四、加强公章管理
建立健全公章管理制度：
- 明确公章的使用权限、审批流程和保管责任，确保公章的使用有章可循。
- 实行专人专管，确保公章由专人保管，并放置在安全地方。
定期检查和审计：
- 定期检查公章的使用情况，确保公章未被擅自使用或盗用。
- 对公章的使用记录进行审计，及时发现并纠正潜在的问题。
五、法律途径维权
关注潜在法律风险：
- 密切关注是否有因公章被利用而引发的各类纠纷，如合同纠纷、债务纠纷等。
- 一旦发现有此类情况，及时收集相关证据，包括报案记录、登报声明、新公章的备案文件等。
积极应诉或主动维权：
- 若因公章被利用导致公司被卷入诉讼，应积极应诉，向法院说明公章被利用的情况，并提供充分证据证明。
- 若发现有人利用被盗公章实施诈骗等犯罪行为，给公司造成损失的，可依法追究相关人员的法律责任，并通过民事诉讼要求侵权人赔偿公司因此遭受的经济损失。
综上所述，处理公司公章被利用的问题需要综合考虑多种情况，并采取相应的法律措施和管理手段。通过立即报警、内部调查与追责、通知相关方并处理合同问题、加强公章管理以及通过法律途径维权等措施，可以有效保护公司的合法权益，防止类似事件的再次发生。