进货商对销售商进行退货时扣除货款是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同有明确约定：如果进货商与销售商在签订的货物买卖合同中，明确约定了退货时可以扣除货款的相关条款，比如约定了退货的条件、扣除货款的比例或方式等，那么在这种情况下，进货商按照合同约定扣除货款是合法的。因为合同是双方意思自治的体现，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，双方就应当按照合同约定履行各自的义务。
合同无明确约定：如果合同中没有对退货时扣除货款进行明确约定，那么进货商单方面扣除货款就可能缺乏合法依据。此时，销售商有权要求进货商返还被扣除的货款，或者通过协商、诉讼等方式解决争议。
二、法律规定角度
法定退货情形：根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规的规定，如果货物存在质量问题、不符合合同约定等法定退货情形，销售商应当承担退货的责任。在这种情况下，如果进货商因为退货而产生了合理的损失（如货物损坏、贬值等），且该损失与销售商的违约行为存在因果关系，那么进货商有权要求销售商赔偿损失。但是，这种赔偿应当是基于实际损失进行的合理计算，而不是进货商单方面随意扣除货款。
非法定退货情形：如果退货并非因为货物存在质量问题或不符合合同约定等法定情形，而是由于进货商自身原因（如市场变化、销售策略调整等）导致的退货，那么进货商就没有法律依据扣除货款。在这种情况下，进货商应当承担退货的责任，并按照合同约定或市场价格向销售商支付货款。
三、实际操作建议
审查合同条款：在发生退货纠纷时，双方应当首先审查合同条款，看是否有对退货时扣除货款进行明确约定。如果有约定，则按照约定处理；如果没有约定，则应当根据法律规定和实际情况进行协商解决。
保留相关证据：无论是进货商还是销售商，在发生退货纠纷时都应当保留好相关证据，如货物质量检验报告、退货通知、货款支付凭证等。这些证据将有助于双方在协商或诉讼过程中证明自己的主张。
寻求法律帮助：如果双方无法就退货时扣除货款的问题达成一致意见，可以寻求法律帮助。可以咨询专业律师（比如我，高旭东律师，专注于合同纠纷、婚姻家庭领域），了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果和解决方案。
总结来说，进货商对销售商进行退货时扣除货款是否合法，取决于合同约定和法律规定。在处理此类纠纷时，双方应当首先审查合同条款，保留好相关证据，并根据实际情况进行协商解决。如果无法达成一致意见，可以寻求法律帮助来维护自己的合法权益。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。