公务员违规持有非上市公司股份或暗股，属于违反公务员法及相关纪律规定的行为，应当根据情节轻重受到相应的纪律处分，严重者可能面临刑事责任追究。以下从不同角度详细分析：

1. 行为定性
   根据《中华人民共和国公务员法》第五十九条及《中国共产党纪律处分条例》相关规定，公务员不得违反规定从事或者参与营利性活动，包括在企业或者其他营利性组织中兼任职务、持有股份或暗股。此类行为本质上是利用职务便利谋取私利，损害公共利益和公务员队伍的廉洁性。

2. 处理程序

   • 初步核查：纪检监察机关或单位内部监督部门发现线索后，需通过谈话、调取资料等方式核实违规事实，包括股份来源、持有方式（显名或隐名）、是否实际参与经营、获利情况等。
     
   • 立案审查：若证据确凿，将启动立案程序，进一步调查是否存在利益输送、权钱交易等更严重问题。
     
   • 处分决定：根据违规情节轻重，依据《行政机关公务员处分条例》或《中国共产党纪律处分条例》给予警告、记过、记大过、降级、撤职或开除等处分。例如，若违规获利数额较小且主动退缴，可能从轻处理；若涉及金额巨大或存在其他违法犯罪行为，则可能直接开除公职并移送司法机关。

3. 法律后果

   • 纪律处分：公务员可能面临警告至开除的行政处分，具体取决于违规情节。例如，若违规持有股份但未实际参与经营且获利较少，可能给予警告或记过；若通过暗股形式掩盖利益输送，则可能直接开除。
     
   • 刑事责任：若违规行为涉及贪污贿赂、滥用职权等犯罪，将依法追究刑事责任。例如，若公务员利用职务便利为非上市公司谋取利益并收受干股，可能构成受贿罪；若通过暗股形式侵吞国有资产，则可能构成贪污罪。
     
   • 收益追缴：无论是否受到纪律处分，违规所得均需全额退缴，并可能被处以罚款。例如，若公务员通过暗股获利100万元，需退缴全部收益，并可能被处以额外罚款。

4. 特殊情形处理

   • 历史遗留问题：若违规行为发生在《公务员法》修订前（如2006年前），可能适用当时的政策处理，但若持续至新法实施后，则需按现行规定追责。
     
   • 主动纠正：若公务员在组织调查前主动退缴股份、上交收益并如实说明情况，可能从轻或减轻处分。例如，某公务员在单位自查自纠阶段主动申报并退缴暗股，最终仅被给予警告处分。
     
   • 共犯处理：若非上市公司实际控制人或其他人员与公务员合谋违规，可能构成共同违法或犯罪，需一并追究责任。例如，企业负责人为公务员代持暗股并分红的，双方均可能面临行政处罚或刑事追究。

建议：若您或他人涉及此类问题，建议立即停止违规行为，主动向单位或纪检监察机关说明情况并退缴收益，以争取从轻处理。若问题复杂或涉及刑事风险，可直接向我咨询具体应对策略。