针对公务员违规持有非上市公司股份被纪委依法没收后，公司股权应如何处理的问题，以下是一个清晰、详细且有深度的解答：
首先，我们需要明确的是，公务员违规持有非上市公司股份是违反《中国共产党纪律处分条例》、《中华人民共和国公务员法》以及《中华人民共和国公职人员政务处分法》等相关法律法规的行为。当这种违规行为被纪委发现并依法没收股份后，公司股权的处理应遵循相关法律法规和监管要求。
一般来说，被没收的股份会有以下几种处理方式：
股份转让：
- 在符合相关法律法规的前提下，被没收的股份可以转让给其他合法的投资者或股东。
- 转让过程需要遵循公司章程、股东协议以及相关法律法规关于股权转让的规定，确保转让的合法性和有效性。
股份注销：
- 如果公司股东会或董事会决定，且符合公司章程和相关法律法规的规定，被没收的股份也可以被注销。
- 注销股份将减少公司的注册资本，因此需要按照法定程序进行，并可能需要履行相应的审批和公告手续。
国有资产管理：
- 在某些情况下，被没收的股份可能会被视为国有资产，并由相关国有资产管理部门进行管理。
- 这种情况下，股份的处置将遵循国有资产管理的相关规定和程序。
其他合法方式：
- 除了上述方式外，还可以根据具体情况采取其他合法的方式来处理被没收的股份。
- 无论采取何种方式，都需要确保处理的合法性和公正性，并维护公司和股东的合法权益。
在处理被没收的股份时，还需要注意以下几点：
- 确保程序合法：整个处理过程需要遵循相关法律法规和监管要求，确保程序的合法性和有效性。
- 保护公司和股东利益：在处理过程中，应充分考虑公司和股东的利益，避免对公司运营和股东权益造成不必要的损害。
- 加强监管和防范：公司应加强对股东资格的审查和监管，防止类似违规行为的再次发生。同时，也应加强内部管理和制度建设，提高公司的治理水平和风险防范能力。
综上所述，公务员违规持有非上市公司股份被纪委依法没收后，公司股权的处理应根据具体情况采取合法、有效的方式，并遵循相关法律法规和监管要求。同时，公司也应加强内部管理和制度建设，提高治理水平和风险防范能力。