在职公务员违法持有股份，其股份是否会被没收，需根据具体情况及法律规定来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 公务员法的相关规定：

   • 根据《中华人民共和国公务员法》第五十九条的规定，公务员不得违反有关规定从事或者参与营利性活动，在企业或者其他营利性组织中兼任职务。这一规定明确了公务员不得持有或参与营利性组织的股份或职务，以维护公务员的公正性和廉洁性。
   • 若公务员违反此规定，持有或参与了营利性组织的股份，将可能面临纪律处分，包括警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等。在严重情况下，其违法所得的股份或相关收益，确实有可能被依法没收或追缴。

2. 违法所得的没收：

   • 如果公务员通过违法手段（如利用职务之便）获取股份，或者其持有股份的行为本身违反了法律法规（如公务员法、反不正当竞争法等），那么这些股份及其收益很可能被视为违法所得。
   • 根据相关法律法规，违法所得应当被依法没收或追缴，上缴国库。这是为了维护法律的严肃性和公正性，防止公务员利用职权谋取私利。

3. 具体案例与司法实践：

   • 在实际司法实践中，对于公务员违法持有股份的处理，会综合考虑多种因素，如违法行为的性质、情节、后果以及公务员的认罪态度等。
   • 如果公务员能够主动交代问题、积极退缴违法所得，并表现出真诚的悔过态度，那么可能会从轻或减轻处理。反之，如果公务员拒不交代问题、隐瞒违法所得或试图逃避法律责任，那么将可能面临更严厉的处罚。

4. 建议与措施：

   • 对于在职公务员而言，应严格遵守法律法规和公务员职业道德规范，不得从事或参与任何营利性活动。
   • 如果发现自己或他人存在违法持有股份的情况，应及时向相关部门报告并配合调查处理。
   • 对于已经违法持有股份的公务员，应主动交代问题、积极退缴违法所得，并寻求法律帮助以减轻或避免法律责任。

总结来说，在职公务员违法持有股份是否会被没收，取决于其违法行为的性质、情节以及相关法律法规的规定。在严重情况下，其违法所得的股份及收益确实有可能被依法没收或追缴。因此，公务员应严格遵守法律法规和职业道德规范，避免涉及任何违法营利性活动。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。