结论：能否由经济合作社支付工程款，需分情况讨论，关键在于合同主体与实际履行主体是否一致，以及经济合作社是否具备相应法律资格和授权。以下分情况具体说明：

1. 若村委会签订合同后，经济合作社作为实际履行主体且获合法授权
   若村委会在签订工程合同时，明确约定或事后通过合法程序（如村民会议决议、授权委托书等）授权经济合作社作为实际支付主体，且经济合作社具备独立法人资格（如已登记为农村集体经济组织），则经济合作社可以支付工程款。此时需注意：

   • 合同中需明确约定支付主体变更条款，或村委会出具书面授权文件；
     
   • 经济合作社需有独立账户，支付行为需符合财务制度；
     
   • 若工程涉及集体资产，需确保支付行为符合《村民委员会组织法》关于集体资产管理的规定（如经村民会议或村民代表会议同意）。

2. 若村委会签订合同，但经济合作社未获合法授权或无独立资格
   若经济合作社未获村委会明确授权，或未登记为独立法人（如仅为村委会内设机构），则其支付行为可能被认定为无效，工程款仍需由村委会支付。此时风险包括：

   • 承包方可能以“合同相对性”为由，要求村委会履行支付义务；
     
   • 经济合作社擅自支付可能被认定为“无权代理”，需承担返还责任；
     
   • 若涉及集体资产，可能因程序违法（如未履行民主议定程序）导致支付行为被撤销。

3. 特殊情形：村委会与经济合作社“账实合一”或资产混同
   若村委会与经济合作社在财务、资产上混同（如共用账户、资产不分），且工程实际由经济合作社使用或受益，法院可能根据“实质重于形式”原则，判决经济合作社承担连带支付责任。但需注意：

   • 此类情形需承包方举证证明资产混同（如财务凭证、资产登记记录等）；
     
   • 村委会可能以“主体不适格”抗辩，需结合具体证据判断。

建议：

• 对村委会而言：签订合同时应明确支付主体，若需经济合作社支付，需履行民主议定程序并出具书面授权；
  
• 对经济合作社而言：支付前需确认自身资格及授权文件，避免无权代理风险；
  
• 对承包方而言：可要求村委会与经济合作社共同出具支付承诺函，或通过“债务加入”方式明确责任主体。
  

如有具体合同文本或支付纠纷，可进一步向我提供细节，我会结合条款和证据为您分析风险点。