合作社支付工程款是否合法，取决于其是否具备支付工程款的法律资格和条件，以及支付行为是否符合相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：

1. 合作社的法律地位与资格：

   • 合作社作为一种特殊的经济组织，其法律地位和资格由相关法律法规进行规定。
   • 如果合作社依法成立，具有独立的法人资格，且其业务范围包括工程建设或相关支付活动，那么它就有可能合法地支付工程款。

2. 支付工程款的合法性：

   • 支付工程款需要符合相关法律法规的规定，如《建筑法》、《合同法》等。
   • 合作社在支付工程款时，应确保支付行为符合这些法律法规的要求，如签订合法的工程承包合同、按照合同约定支付款项、确保资金来源合法等。

3. 可能存在的法律风险：

   • 如果合作社未依法成立或不具备支付工程款的法律资格，那么其支付行为可能构成违法。
   • 如果合作社在支付工程款时存在违反法律法规的行为，如未签订合法合同、未按照合同约定支付款项、资金来源不明等，那么其支付行为也可能被视为违法。

4. 建议与措施：

   • 合作社在支付工程款前，应咨询专业律师或法律顾问，确保其支付行为符合相关法律法规的规定。
   • 合作社应建立健全的财务管理制度，确保资金来源合法、支付行为规范。
   • 如遇法律纠纷或疑问，合作社应及时寻求法律途径解决。

综上所述，合作社支付工程款是否合法，需根据其法律地位、资格以及支付行为是否符合相关法律法规的规定来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。