申请人收取被申请人支付的仲裁费后，若需开具发票，应按照以下步骤处理，具体分为两种情况：

1. 若申请人为企业或个体工商户

   • 税务登记要求：需已办理税务登记（如增值税一般纳税人或小规模纳税人），方可自行开具发票。
     
   • 开票流程：
     
     • 通过税务机关领购的空白发票，使用税控设备（如金税盘）开具；
       
     • 若未领购发票，可向主管税务机关申请代开（需提供合同、付款凭证等材料）。
       
   • 税率适用：
     
     • 若仲裁费属于“咨询服务费”范畴，一般按6%税率开具增值税专用发票或普通发票；
       
     • 若属于“其他现代服务”，税率可能为3%（小规模纳税人）或6%（一般纳税人）。
       
   • 注意事项：
     
     • 发票内容需与实际业务一致，避免虚开发票风险；
       
     • 若被申请人要求专票，申请人需为一般纳税人且具备开票资格。

2. 若申请人为自然人（个人）

   • 税务处理：
     
     • 个人收取仲裁费属于“劳务报酬所得”，需按20%-40%的预扣率缴纳个人所得税；
       
     • 发票开具需通过税务机关代开，携带身份证、合同、付款凭证等材料至税务局办理。
       
   • 开票流程：
     
     • 填写《代开增值税发票缴纳税款申报单》，缴纳增值税（按3%征收率）及附加税费；
       
     • 税务机关代开发票后，申请人将发票交付被申请人，并自行申报个人所得税。
       
   • 风险提示：
     
     • 个人代开发票需确保资金流水与合同一致，避免被认定为“未依法纳税”；
       
     • 若仲裁费金额较大，建议提前咨询税务机关或专业会计，规划税务成本。

补充说明：

• 若双方约定仲裁费由被申请人承担，但申请人实际收取并需开票，建议明确合同条款（如“仲裁费由被申请人支付，申请人负责开具合规发票”），避免后续纠纷。
  
• 若涉及跨境支付或特殊行业（如法律服务），需进一步确认是否适用零税率或免税政策。
  

如有其他细节需进一步分析（如合同条款、主体性质等），可直接向我提问，我会结合具体场景提供更精准的建议。