仲裁费用若由被申请人支付，发票一般由收取仲裁费用的仲裁机构负责开具。以下是对此问题的详细分析：
一、开票主体
在仲裁过程中，如果仲裁费用由被申请人支付，那么发票的开具主体通常是收取这笔费用的仲裁机构。这是因为仲裁机构作为收费方，有义务按照相关财务制度和税务规定，为付款方开具正规的税务发票。
二、发票类型与内容
- 发票类型：仲裁机构开具的发票通常是正规的税务发票，具体可能为增值税普通发票或专用发票。这取决于付款方的需求以及仲裁机构的开票规定。
- 发票内容：发票上应准确注明仲裁费用的具体项目、金额、付款方名称、纳税人识别号（若为企业等有纳税识别号的主体）、地址、电话、开户行及账号等详细信息。这些信息对于付款方进行财务核算和税务处理至关重要。
三、开票流程与注意事项
- 开票流程：仲裁机构在收到仲裁费用后，会依据相关财务制度和税务规定，在规定时间内为付款方开具发票。付款方在支付仲裁费用时，可以向仲裁机构提出开票要求，仲裁机构应及时、准确地开具发票并交付付款方。
- 注意事项：
- 付款方应确保提供的开票信息准确无误，包括单位名称、纳税人识别号、地址、电话、开户行及账号等。
- 不同地区的仲裁机构以及不同的仲裁案件，在具体开票操作上可能会存在一定差异。但总体而言，都应遵循基本的开票原则和要求，以确保仲裁费用开票的规范、准确与合法。
四、特殊情况处理
如果在实际操作中遇到任何问题，如仲裁机构拒绝开具发票、发票信息错误等，付款方应及时与仲裁机构沟通解决。如果沟通无果，付款方还可以考虑向相关税务部门或法律机构寻求帮助，以维护自己的合法权益。
建议：在仲裁过程中，如果涉及仲裁费用的支付和发票开具问题，建议当事人提前与仲裁机构沟通确认开票事宜，以确保整个流程的顺畅进行。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。