结论：工程已验收合格交付使用后，结算时以材料厚度不够为由扣钱是否合法，需根据具体情况判断，主要看合同约定、验收标准及实际履行情况。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同有明确约定：
- 若合同中明确规定了材料厚度的具体标准，以及验收合格后因材料厚度问题扣款的条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，那么在验收合格后，若发现材料厚度确实不符合合同约定，发包方有权依据合同条款扣款。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百零九条，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。若承包方未按照合同约定的材料厚度进行施工，构成违约，发包方有权要求其承担违约责任，包括扣款。
合同无明确约定：
- 若合同中未明确规定材料厚度的具体标准，或未约定验收合格后因材料厚度问题扣款的条款，那么发包方在验收合格后以材料厚度不够为由扣款，可能缺乏合同依据。
- 法律建议：在此情况下，承包方可以拒绝扣款，并主张按照合同约定的结算方式进行结算。若双方无法达成一致，可以通过诉讼或仲裁等法律途径解决争议。
二、验收标准角度
验收标准明确且材料厚度为关键指标：
- 若验收标准中明确规定了材料厚度的具体要求，且该要求为验收合格的关键指标之一，那么在验收合格后，若发现材料厚度不符合验收标准，发包方有权要求承包方进行整改或扣款。
- 但需注意：验收合格通常意味着工程符合合同约定的质量标准，若验收时未发现材料厚度问题，或验收标准中未将材料厚度作为关键指标，那么发包方在验收合格后以材料厚度不够为由扣款，可能缺乏合理性。
验收标准不明确或材料厚度非关键指标：
- 若验收标准不明确，或材料厚度并非验收合格的关键指标，那么发包方在验收合格后以材料厚度不够为由扣款，可能缺乏依据。
- 法律建议：承包方可以要求发包方提供明确的验收标准，并主张按照实际验收情况进行结算。若发包方无法提供明确标准或拒绝按实际验收情况结算，承包方可以通过法律途径维护自身权益。
三、实际履行情况角度
材料厚度确实不符合约定或标准：
- 若经核实，材料厚度确实不符合合同约定或验收标准，且该不符合情况影响了工程的质量或使用功能，那么发包方有权要求承包方承担相应的责任，包括扣款。
- 但需考虑：若材料厚度的不符合情况并未影响工程的质量或使用功能，或承包方已采取合理措施进行补救，那么发包方扣款的合理性可能受到质疑。
材料厚度符合约定或标准：
- 若经核实，材料厚度符合合同约定或验收标准，那么发包方以材料厚度不够为由扣款，显然缺乏依据。
- 法律建议：承包方可以拒绝扣款，并要求发包方按照合同约定的结算方式进行结算。若发包方坚持扣款，承包方可以通过法律途径维护自身权益。
综合建议：在处理此类纠纷时，建议双方首先回顾合同条款和验收标准，明确各自的权利和义务。若无法达成一致，可以寻求第三方机构进行鉴定或评估，以确定材料厚度是否符合约定或标准。若仍无法解决争议，可以通过诉讼或仲裁等法律途径解决。如有具体法律问题，可以直接向我咨询。