结论：承包方在签订承包协议时没有资质，即便后续办理了资质证书，该承包协议一般也是无效的，但存在特殊情况可能使合同有效或部分有效。以下从不同角度进行分析：
法律原则角度
根据相关法律法规，承包建设工程需要具备相应的资质条件，这是为了确保建设工程的质量和安全，保护公共利益。如果承包方在签订承包协议时不具备相应的资质，那么该协议就违反了法律的强制性规定。从法律原则上看，违反法律强制性规定的合同是无效的。因此，在这种情况下，即使承包方后续办理了资质证书，也不能改变其签订协议时无资质的事实，该承包协议通常会被认定为无效。
特殊情况角度
虽然一般情况下无资质签订的承包协议无效，但也存在一些特殊情况可能使合同有效或部分有效：
后续资质补正与合同效力认定：如果承包方在签订协议后，积极采取措施办理了相应的资质证书，并且在合同履行过程中，其资质状况得到了相关部门的认可，同时该合同的履行也没有对公共利益造成损害，那么在某些司法实践中，法院可能会根据具体情况，认定该合同部分有效或者采取其他补救措施，比如要求承包方承担一定的违约责任后，继续履行合同中不违反法律强制性规定的部分。但这种情况并非普遍适用，需要具体案件具体分析。
发包方明知或应知无资质的情况：如果发包方在签订协议时明知或者应当知道承包方没有相应的资质，但仍然与其签订了协议，那么发包方也可能需要承担一定的法律责任。在这种情况下，如果合同被认定无效，发包方和承包方可能需要根据各自的过错程度，承担相应的损失赔偿责任。
实际操作与风险防范角度
对于承包方而言，在签订承包协议前，务必确保自己具备相应的资质条件，这是避免合同无效和法律风险的关键。如果确实需要签订协议但暂时不具备资质，可以与发包方协商，在协议中明确约定资质办理的时间和条件，以及因资质问题导致合同无效或无法履行的责任承担方式。
对于发包方而言，在签订协议前，应对承包方的资质进行严格的审查，确保其具备相应的施工能力和条件。同时，在协议中也可以约定因承包方资质问题导致合同无效或无法履行的违约责任和赔偿方式，以降低自身的法律风险。
如果您在建设工程合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。