行政机关丢失本机关公务员个人档案与丢失已被辞退公务员档案的诉讼途径确实存在区别，这主要取决于档案所有者的身份及相应的法律关系。以下是对这两种情况诉讼途径的详细分析：
一、行政机关丢失本机关公务员个人档案的诉讼途径
行政诉讼途径：
- 法律依据：根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，公务员作为行政机关的内部工作人员，其与行政机关之间形成的是行政法律关系。当行政机关因管理不善导致公务员个人档案丢失时，公务员可以认为行政机关的行为侵犯了其合法权益，从而提起行政诉讼。
- 诉讼要点：公务员需证明行政机关存在过错，且该过错与其档案丢失之间存在因果关系。同时，公务员需明确其诉讼请求，如要求行政机关恢复档案、赔偿损失等。
内部申诉与调解：
- 前置程序：在提起行政诉讼前，公务员通常需先通过行政机关内部的申诉机制寻求解决。这有助于快速、高效地处理纠纷，减少诉讼成本。
- 调解可能性：若行政机关愿意调解，双方可就赔偿、恢复档案等事宜达成协议，从而避免诉讼。
二、行政机关丢失已被辞退公务员档案的诉讼途径
民事诉讼途径：
- 法律依据：已被辞退的公务员与行政机关之间的劳动关系已终止，双方形成的是民事法律关系。当行政机关丢失其档案时，已辞退的公务员可以依据《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的规定，提起民事诉讼。
- 诉讼要点：已辞退的公务员需证明行政机关存在过错，且该过错导致其档案丢失，进而造成了经济损失或精神损害。其诉讼请求可能包括赔偿损失、恢复名誉等。
劳动仲裁前置（若涉及劳动争议）：
- 适用情形：若档案丢失与劳动争议（如辞退程序违法、经济补偿未支付等）相关联，已辞退的公务员可能需先通过劳动仲裁解决劳动争议部分，再就档案丢失问题提起民事诉讼。
- 仲裁要点：劳动仲裁机构将审查辞退程序的合法性、经济补偿的支付情况等，并作出裁决。若仲裁裁决支持已辞退公务员的诉求，其可据此进一步主张档案丢失的赔偿。
三、综合建议
- 对于本机关公务员：建议先通过行政机关内部的申诉机制寻求解决，若无法解决，再考虑提起行政诉讼。同时，保留好相关证据，如档案丢失的证明、行政机关的过错证明等。
- 对于已被辞退的公务员：若档案丢失与劳动争议无关，可直接提起民事诉讼；若相关联，则需先通过劳动仲裁解决劳动争议部分。在诉讼过程中，同样需保留好相关证据，如辞退通知、档案丢失的证明、经济损失的证明等。
无论哪种情况，都建议受害者在发现档案丢失后及时采取行动，以维护自己的合法权益。若您在此过程中遇到任何法律问题，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。